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GTF oder GFF3: Attribute und Transkriptzuordnung
Beide haben neun Spalten, unterscheiden sich aber in Attributsyntax und Beziehungsmodell.
Welches Format sollten Sie wählen?
Kompatibles GTF bei entsprechender Analysevorgabe, unterstütztes GFF3 für hierarchischen Austausch erwägen.
Geeignet für GTF
Positionen von Genen, Transkripten und Exons weitergeben
- Annotation für Expressionswerkzeuge mit GTF-Eingabe
Geeignet für GFF3
Gene, Transkripte und Exons annotieren
- Merkmaltypen, Attribute und Beziehungen austauschen
Grundlegende Informationen
| Merkmal | GTF | GFF3 |
|---|---|---|
| Dateiendung | .gtf | .gff3, .gff |
| MIME-Typ | ||
| Häufige Verwendung | Positionen von Genen, Transkripten und Exons weitergeben | Gene, Transkripte und Exons annotieren |
| Öffnen | Referenz, Namen, Trenner und Attribute mit einem GTF-Leser prüfen. Exons und CDS über Transkript-ID zuordnen; Merkmaltypen und Spalte acht nach Leserregeln prüfen. | Prüfen Sie Versionsdirektive, Referenznamen, neun Spalten und Attribut-Escaping mit einem GFF3-Leser. ID/Parent prüfen; wiederholte IDs können ein diskontinuierliches Merkmal darstellen. |
| Exportieren oder konvertieren | gene_id/transcript_id auf passende GFF3-ID/Parent-Beziehungen abbilden. Umbenennen reicht nicht. Zeilen, Koordinaten, Strang, CDS und Attribute prüfen; Originale behalten. | Bei gewöhnlicher Intervallextraktion nach BED wird vom Start 1 abgezogen; das Ende bleibt gleich. Auswahl und Zusammenführung festlegen und Originale bei Verlust von Attributen, Hierarchie oder CDS-phase behalten. |
Nach Einsatzzweck wählen
Annotation für Expressionswerkzeuge mit GTF-Eingabe
Positionen von Genen, Transkripten und Exons weitergeben
GTFMerkmaltypen, Attribute und Beziehungen austauschen
Gene, Transkripte und Exons annotieren
GFF3Wichtiger Punkt 1
GTF nutzt Attribute wie gene_id "Wert";.
Unterschiede im DetailWichtiger Punkt 2
GFF3 nutzt Attribute wie ID=Wert;Parent=Wert.
Unterschiede im DetailUnterschiede im Detail
Merkmaltypen, Transkript-IDs, Attribute und Interpretation vereinbaren, nicht nur Endung oder Spaltenzahl.
- Gewöhnliche Koordinaten sind bei beiden einsbasiert und inklusiv; kein BED-artiger Startversatz ist nötig. Referenz, Strang, CDS-Spalte acht und Stopcodon-Behandlung nach Erzeugerregeln prüfen.
- GTF-IDs und GFF3-Hierarchie, mehrere Eltern und diskontinuierliche Merkmale explizit abbilden. Nicht unterstützte Merkmale oder Attribute dokumentieren; Anzahl prüfen und Originale behalten.
Häufige Fragen
Reicht Umbenennen der Attribute zur Konvertierung?
Nein. Syntax, Beziehungen und Erzeugerregeln unterscheiden sich. Merkmale pro Transkript und erhaltene Attribute vergleichen.