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FASTA o FASTQ: secuencias y conservación de calidad
FASTA solo guarda secuencias; FASTQ añade valores de calidad por base.
¿Qué formato deberías elegir?
Use FASTA para referencias o ensamblajes y FASTQ para analizar lecturas con calidad; conserve originales.
Adecuado para FASTA
Guardar secuencias de referencia o ensambladas
- Intercambiar secuencias sin necesitar valores de calidad
Adecuado para FASTQ
Transferir lecturas de secuenciación y calidad por base entre etapas de análisis · Guardar lecturas sin alinear, incluidas las paired-end, antes del análisis posterior
- Mantener juntos identificadores, secuencias y sus calidades por base
- Enviar lecturas a archivos como NCBI SRA
Información básica
| Campo | FASTA | FASTQ |
|---|---|---|
| Extensión | .fasta, .fa | .fastq, .fq, .fastq.gz, .fq.gz |
| Tipo MIME | ||
| Usos habituales | Guardar secuencias de referencia o ensambladas | Transferir lecturas de secuenciación y calidad por base entre etapas de análisis · Guardar lecturas sin alinear, incluidas las paired-end, antes del análisis posterior |
| Cómo abrir | Use un lector de secuencias y revise identificadores duplicados, símbolos y longitudes. samtools faidx exige líneas de igual longitud dentro de cada secuencia salvo la última. Regenere .fai tras cambiar la secuencia o los saltos de línea. | Usa una herramienta de secuenciación compatible con la variante FASTQ. Comprueba identificador `@`, longitudes de secuencia y calidad, línea `+`, esquema Phred+33 o Phred+64 y documentación del instrumento o pipeline. En paired-end, verifica el orden e identificadores de ambas lecturas. Lee archivos gzip con una herramienta compatible o descomprímelos. |
| Exportar o convertir | Exportar solo la secuencia de FASTQ elimina la calidad. FASTA no recupera los valores originales. Si dispone de QUAL real, haga coincidir identificadores y longitudes y confirme el sistema de calidad antes de combinar. | Para cambiar la codificación de calidad, identifica el sistema Phred o Solexa y el desplazamiento ASCII original, decodifica las puntuaciones numéricas y vuelve a codificarlas. Exportar solo secuencias a FASTA pierde las calidades. Crear SAM/BAM alineado requiere una referencia y otro proceso de análisis; no es un cambio de nombre. |
Elegir según el uso
Intercambiar secuencias sin necesitar valores de calidad
Guardar secuencias de referencia o ensambladas
FASTAMantener juntos identificadores, secuencias y sus calidades por base
Transferir lecturas de secuenciación y calidad por base entre etapas de análisis · Guardar lecturas sin alinear, incluidas las paired-end, antes del análisis posterior
FASTQEnviar lecturas a archivos como NCBI SRA
Transferir lecturas de secuenciación y calidad por base entre etapas de análisis · Guardar lecturas sin alinear, incluidas las paired-end, antes del análisis posterior
FASTQPunto clave 1
FASTA tiene una línea de definición > seguida de la secuencia.
Más sobre las diferenciasPunto clave 2
FASTQ usa @, secuencia, separador + y una cadena de calidad correspondiente.
Más sobre las diferenciasMás sobre las diferencias
Decida si basta la secuencia o necesita filtrado por calidad. Revise convenciones del productor y requisitos del lector, no solo extensiones.
- Extraer a FASTA descarta la calidad original. Añadir valores constantes sin QUAL real no recupera calidad medida.
- Al unir QUAL real, compruebe identificadores, cantidad de registros, longitudes y sistema de calidad. Regenere .fai tras cambiar secuencia o saltos de línea.
Preguntas frecuentes
¿Convertir FASTA a FASTQ recupera la calidad?
No. Los valores no se reconstruyen a partir de letras de la secuencia. Una solo calidad original real con correspondencia verificada; no trate valores ficticios como mediciones.