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GTF frente a GFF3: atributos y correspondencia de transcritos
Ambos tienen nueve columnas, pero cambian atributos y modelos de relación.
¿Qué formato deberías elegir?
Use GTF compatible si el análisis lo exige; considere GFF3 admitido para intercambiar jerarquías.
Adecuado para GTF
Compartir posiciones de genes, transcritos y exones
- Entrada para herramientas de expresión que requieren GTF
Adecuado para GFF3
Anotar genes, transcritos y exones
- Intercambiar tipos, atributos y relaciones
Información básica
| Campo | GTF | GFF3 |
|---|---|---|
| Extensión | .gtf | .gff3, .gff |
| Tipo MIME | ||
| Usos habituales | Compartir posiciones de genes, transcritos y exones | Anotar genes, transcritos y exones |
| Cómo abrir | Compruebe referencia, nombres, separadores y atributos con un lector GTF. Relacione exones y CDS por transcript_id; revise tipos y columna ocho según el lector. | Compruebe declaración de versión, referencias, nueve columnas y escape de atributos con un lector GFF3. Valide ID/Parent; un ID repetido puede representar un elemento discontinuo, no un duplicado accidental. |
| Exportar o convertir | Asigne gene_id/transcript_id a relaciones ID/Parent de GFF3. Cambiar nombres no basta. Verifique filas, coordenadas, cadena, CDS y atributos; conserve originales. | Al extraer intervalos ordinarios a BED, reste 1 al inicio y mantenga el fin. Defina selección y unión de elementos; conserve originales si se pierden atributos, jerarquía o phase de CDS. |
Elegir según el uso
Entrada para herramientas de expresión que requieren GTF
Compartir posiciones de genes, transcritos y exones
GTFIntercambiar tipos, atributos y relaciones
Anotar genes, transcritos y exones
GFF3Punto clave 1
GTF usa atributos como gene_id "valor";.
Más sobre las diferenciasPunto clave 2
GFF3 usa atributos como ID=valor;Parent=valor.
Más sobre las diferenciasMás sobre las diferencias
Acuerde tipos, IDs de transcritos, atributos e interpretación, no solo extensión o número de columnas.
- Ambos usan coordenadas ordinarias desde uno e inclusivas; no hace falta ajustar el inicio como con BED. Valide referencia, cadena, columna ocho de CDS y codón de parada según el productor.
- Mapee IDs de GTF y jerarquías, múltiples padres y elementos discontinuos de GFF3. Registre elementos o atributos no admitidos; revise cantidades y conserve originales.
Preguntas frecuentes
¿Basta renombrar atributos para convertir?
No. Cambian sintaxis, relaciones y reglas del productor. Compare elementos por transcrito y atributos conservados.