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BED frente a GFF3: extracción de regiones y estructura de anotación
BED selecciona regiones; GFF3 conserva tipos, atributos y relaciones de anotación.
¿Qué formato deberías elegir?
Considere BED para solapamiento o extracción y GFF3 para intercambiar estructuras de anotación.
Adecuado para BED
Compartir regiones de interés o pistas
- Solapamiento de regiones y posiciones de extracción
Adecuado para GFF3
Anotar genes, transcritos y exones
- Intercambiar tipos, atributos y relaciones
Información básica
| Campo | BED | GFF3 |
|---|---|---|
| Extensión | .bed | .gff3, .gff |
| Tipo MIME | ||
| Usos habituales | Compartir regiones de interés o pistas | Anotar genes, transcritos y exones |
| Cómo abrir | Use un lector compatible y compruebe ensamblaje, nombres y número de columnas. chr1 0 100 indica las primeras 100 bases. Los inicios de bloques son relativos a chromStart. | Compruebe declaración de versión, referencias, nueve columnas y escape de atributos con un lector GFF3. Valide ID/Parent; un ID repetido puede representar un elemento discontinuo, no un duplicado accidental. |
| Exportar o convertir | En intervalos ordinarios no vacíos, sume 1 al inicio al convertir a GFF3 y mantenga el fin. Revise aparte los casos de longitud cero. Las coordenadas no reconstruyen atributos ni jerarquías. | Al extraer intervalos ordinarios a BED, reste 1 al inicio y mantenga el fin. Defina selección y unión de elementos; conserve originales si se pierden atributos, jerarquía o phase de CDS. |
Elegir según el uso
Solapamiento de regiones y posiciones de extracción
Compartir regiones de interés o pistas
BEDIntercambiar tipos, atributos y relaciones
Anotar genes, transcritos y exones
GFF3Punto clave 1
BED tiene cromosoma, inicio y fin como campos básicos.
Más sobre las diferenciasPunto clave 2
GFF3 usa nueve columnas con tabuladores y atributos.
Más sobre las diferenciasMás sobre las diferencias
Decida si bastan regiones o necesita relaciones transcrito/exón y phase de CDS. Acuerde ensamblaje y selección de elementos.
- En intervalos ordinarios no vacíos, pasar de BED desde cero y fin excluido a GFF3 desde uno y ambos extremos incluidos suma 1 al inicio. Valide aparte longitud cero y casos circulares.
- La extracción a BED puede perder atributos, Parent y phase. Los bloques no reconstruyen necesariamente toda la anotación GFF3; compruebe cantidades y correspondencias.
Preguntas frecuentes
¿Desplazar una posición permite usar otro ensamblaje?
No. Cambiar convenciones no mapea ensamblajes. Use un mapeo adecuado y registre las regiones sin correspondencia.