Datos

bigBed: distribución de anotaciones genómicas indexadas

bigBed es un formato binario indexado creado a partir de datos BED. Los navegadores compatibles leen regiones concretas. No es simplemente BED comprimido con gzip.

.bb · .bigBedPistas genómicas indexadas

Información básica

Extensión: .bb / .bigBed

Cuándo elegir este formato

Acceder a regiones concretas en el navegador

Cuándo evitar este formato

Editar directamente con un editor de texto

Usos habituales

Publicar pistas grandes de anotación

Características

Campos BED con columnas adicionales y definiciones autoSql

Ventajas y desventajas

Ventajas

El acceso por región evita transferir todo el conjunto

Desventajas

Requiere lectores específicos y alojamiento adecuado

Abrir y convertir

Cómo abrirlo

Use un navegador o lector bigBed y compruebe ensamblaje, nombres y campos. Pruebe accesibilidad y lecturas parciales en el entorno real.

Cómo convertirlo

Para bedToBigBed, prepare una pista y chrom.sizes correspondiente. Agrupe por cromosoma y ordene por inicio, quite líneas track/browser y defina columnas extra con -type/-as.

Precauciones

Edite el BED original y regenere. Compare cantidades, coordenadas y columnas extra al exportar; la configuración visual no siempre se recupera. La compresión depende de las opciones y no controla el acceso.

Preguntas frecuentes

¿Renombrar a .bb crea bigBed?

No. Se requieren índices y estructura binaria. Use un conversor compatible y pruebe el visor previsto.

Formatos relacionados

BEDBED enumera cromosoma, inicio y fin en texto. El inicio cuenta desde cero y el extremo final se excluye. No almacena la secuencia ni su calidad por base.GFF3GFF3 tiene nueve columnas separadas por tabuladores. Inicio y fin cuentan desde uno y se incluyen ambos extremos. Atributos como ID y Parent describen relaciones.bigWigbigWig almacena valores genómicos en binario indexado. Se crea desde WIG o bedGraph y permite acceso regional con lectores compatibles. Su función difiere de bigBed.