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BED frente a bigBed: edición de texto y distribución indexada
BED es texto de regiones; bigBed son datos BED binarios indexados.
¿Qué formato deberías elegir?
Considere BED para entrada editable y bigBed para distribuir regiones de pistas grandes.
Adecuado para BED
Compartir regiones de interés o pistas
- Solapamiento de regiones y posiciones de extracción
Adecuado para bigBed
Publicar pistas grandes de anotación
- Acceder a regiones concretas en el navegador
Información básica
| Campo | BED | bigBed |
|---|---|---|
| Extensión | .bed | .bb, .bigBed |
| Tipo MIME | ||
| Usos habituales | Compartir regiones de interés o pistas | Publicar pistas grandes de anotación |
| Cómo abrir | Use un lector compatible y compruebe ensamblaje, nombres y número de columnas. chr1 0 100 indica las primeras 100 bases. Los inicios de bloques son relativos a chromStart. | Use un navegador o lector bigBed y compruebe ensamblaje, nombres y campos. Pruebe accesibilidad y lecturas parciales en el entorno real. |
| Exportar o convertir | En intervalos ordinarios no vacíos, sume 1 al inicio al convertir a GFF3 y mantenga el fin. Revise aparte los casos de longitud cero. Las coordenadas no reconstruyen atributos ni jerarquías. | Para bedToBigBed, prepare una pista y chrom.sizes correspondiente. Agrupe por cromosoma y ordene por inicio, quite líneas track/browser y defina columnas extra con -type/-as. |
Elegir según el uso
Solapamiento de regiones y posiciones de extracción
Compartir regiones de interés o pistas
BEDAcceder a regiones concretas en el navegador
Publicar pistas grandes de anotación
bigBedPunto clave 1
BED permite examinar filas y columnas como texto.
Más sobre las diferenciasPunto clave 2
Los índices bigBed acceden a regiones concretas.
Más sobre las diferenciasMás sobre las diferencias
Revise lecturas completas o parciales, campos extra y alojamiento. No suponga menor tamaño o más velocidad siempre; pruebe datos reales.
- Ambos usan coordenadas BED desde cero con fin excluido para regiones ordinarias. Crear bigBed no mapea ensamblajes; ajuste entrada y chrom.sizes.
- Prepare una pista ordenada, quite cabeceras visuales y defina campos extra. Regenere tras editar y verifique cantidades, coordenadas y campos al exportar.
Preguntas frecuentes
¿BED con gzip equivale a bigBed?
No. gzip no crea índices bigBed. Conserve BED original, definiciones y referencia.