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BED ou bigBed : édition de texte et diffusion indexée
BED est un texte d’intervalles ; bigBed contient des données BED binaires indexées.
Quel format choisir ?
Envisagez BED pour une entrée modifiable et bigBed pour diffuser de grandes pistes par région.
Adapté pour BED
Partager des régions cibles ou des pistes
- Chevauchement de régions et positions d’extraction
Adapté pour bigBed
Publier de grandes pistes d’annotation
- Lire les régions nécessaires dans un navigateur
Informations générales
| Élément | BED | bigBed |
|---|---|---|
| Extension | .bed | .bb, .bigBed |
| Type MIME | ||
| Usages courants | Partager des régions cibles ou des pistes | Publier de grandes pistes d’annotation |
| Comment ouvrir | Vérifiez assemblage, noms et nombre de champs avec un outil compatible. chr1 0 100 représente les 100 premières bases. Les débuts des blocs sont relatifs à chromStart. | Vérifiez assemblage, noms et champs avec un navigateur ou outil bigBed compatible. Testez accessibilité distante et lectures partielles en situation réelle. |
| Exporter ou convertir | Pour un intervalle ordinaire non vide, ajoutez 1 au début lors du passage à GFF3 et gardez la fin. Vérifiez à part les cas de longueur nulle. Les coordonnées ne reconstituent ni attributs ni hiérarchie. | Pour bedToBigBed, préparez une piste et chrom.sizes correspondant. Regroupez par chromosome et triez par début, retirez track/browser et définissez les champs supplémentaires avec -type/-as. |
Choisir selon l’usage
Chevauchement de régions et positions d’extraction
Partager des régions cibles ou des pistes
BEDLire les régions nécessaires dans un navigateur
Publier de grandes pistes d’annotation
bigBedPoint clé 1
Les lignes et colonnes BED se lisent comme du texte.
En savoir plus sur les différencesPoint clé 2
Les index bigBed donnent accès aux régions choisies.
En savoir plus sur les différencesEn savoir plus sur les différences
Vérifiez lectures intégrales ou partielles, champs supplémentaires et hébergement. Testez les données réelles sans supposer un gain systématique de taille ou vitesse.
- Les intervalles ordinaires utilisent tous deux BED à partir de zéro et fin exclue. Créer bigBed ne mappe pas les assemblages ; accordez entrée et chrom.sizes.
- Préparez une piste ordonnée, retirez les en-têtes d’affichage et définissez les champs supplémentaires. Reconstruisez après édition et vérifiez nombres, coordonnées et champs à l’export.
Questions fréquentes
BED compressé avec gzip équivaut-il à bigBed ?
Non. gzip seul ne crée pas les index bigBed. Gardez BED source, définitions et référence.