Guides
Transmettre des annotations génomiques et des pistes de signal
Distinguez annotations et signaux numériques, puis convenez de la référence, des coordonnées, des unités et du visualiseur. Cette étape diffère de la conservation des lectures ou alignements.
Quel format choisir ?
Choisissez selon le rôle de chaque fichier dans votre flux de travail.
- Définir le sens et la référence
- Valider les copies d'affichage
- Tester chez le destinataire
Définir le sens et la référence
Consignez la version de l'assemblage, les noms des chromosomes et la convention de coordonnées. Ne confondez pas les intervalles BED, à base zéro et borne finale exclue, avec d'autres conventions. Précisez unités, normalisation et différence entre absence et zéro.
Valider les copies d'affichage
Convertissez les annotations BED en bigBed ou les signaux bedGraph en bigWig selon le besoin. Vérifiez tri, longueurs chromosomiques et colonnes supplémentaires. Comparez des intervalles et valeurs représentatifs à la source, y compris l'arrondi simple précision de bigWig et les résumés d'affichage.
Tester chez le destinataire
Fournissez fichiers, paramètres de conversion, sommes de contrôle et réglages d'affichage. Ouvrez la même référence et les mêmes intervalles dans le visualiseur destinataire. Pour un Track Hub, validez aussi configuration et hébergement.
Formats à envisager
Avant l’export
- Un hub non répertorié peut rester accessible à qui connaît son URL. Masquer l'URL ne contrôle pas l'accès ; utilisez un environnement approuvé pour les données sensibles.
- Conservez les sources. Un affichage ou des sommes identiques ne prouvent pas la justesse de l'analyse ; les résumés ne sont pas les valeurs originales.