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BED ou GFF3 : extraction d’intervalles et structure d’annotation
BED sélectionne des intervalles ; GFF3 porte types, attributs et relations d’annotation.
Quel format choisir ?
Envisagez BED pour chevauchement ou extraction et GFF3 pour échanger une structure d’annotation.
Adapté pour BED
Partager des régions cibles ou des pistes
- Chevauchement de régions et positions d’extraction
Adapté pour GFF3
Annoter gènes, transcrits et exons
- Échanger types, attributs et relations
Informations générales
| Élément | BED | GFF3 |
|---|---|---|
| Extension | .bed | .gff3, .gff |
| Type MIME | ||
| Usages courants | Partager des régions cibles ou des pistes | Annoter gènes, transcrits et exons |
| Comment ouvrir | Vérifiez assemblage, noms et nombre de champs avec un outil compatible. chr1 0 100 représente les 100 premières bases. Les débuts des blocs sont relatifs à chromStart. | Vérifiez directive de version, références, neuf colonnes et échappement avec un lecteur GFF3. Contrôlez ID/Parent ; un ID répété peut désigner un élément discontinu, pas un doublon accidentel. |
| Exporter ou convertir | Pour un intervalle ordinaire non vide, ajoutez 1 au début lors du passage à GFF3 et gardez la fin. Vérifiez à part les cas de longueur nulle. Les coordonnées ne reconstituent ni attributs ni hiérarchie. | Pour extraire un intervalle ordinaire en BED, retranchez 1 au début et gardez la fin. Définissez sélection et fusion ; conservez l’original si attributs, hiérarchie ou phase des CDS sont perdus. |
Choisir selon l’usage
Chevauchement de régions et positions d’extraction
Partager des régions cibles ou des pistes
BEDÉchanger types, attributs et relations
Annoter gènes, transcrits et exons
GFF3Point clé 1
BED contient chromosome, début et fin comme champs de base.
En savoir plus sur les différencesPoint clé 2
GFF3 utilise neuf colonnes tabulées et des attributs.
En savoir plus sur les différencesEn savoir plus sur les différences
Déterminez si les intervalles suffisent ou si relations transcrit/exon et phase des CDS sont nécessaires. Convenez de l’assemblage et de la sélection.
- Pour un intervalle ordinaire non vide, le passage de BED à partir de zéro et fin exclue vers GFF3 à partir de un et inclusif ajoute 1 au début. Vérifiez à part longueur nulle et cas circulaires.
- L’extraction BED peut perdre attributs, Parent et phase. Les blocs ne reconstituent pas nécessairement toutes les annotations GFF3 ; vérifiez nombres et correspondances.
Questions fréquentes
Décaler d’une position suffit-il pour un autre assemblage ?
Non. Changer de convention n’est pas mapper les assemblages. Utilisez un mappage adapté et notez les régions non mappées.