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bedGraph ou bigWig : texte numérique et diffusion indexée
bedGraph est un texte d’intervalles et valeurs ; bigWig une piste numérique indexée.
Quel format choisir ?
Envisagez bedGraph pour inspection et traitement, bigWig pour un grand accès régional distant.
Adapté pour bedGraph
Partager des pistes de signaux génomiques
- Examiner les valeurs d’intervalles de longueur variable
Adapté pour bigWig
Diffuser de grands signaux génomiques
- Lire les valeurs de régions choisies
Informations générales
| Élément | bedGraph | bigWig |
|---|---|---|
| Extension | .bedGraph | .bw, .bigWig |
| Type MIME | ||
| Usages courants | Partager des pistes de signaux génomiques | Diffuser de grands signaux génomiques |
| Comment ouvrir | Vérifiez référence, noms, coordonnées et valeurs avec un lecteur compatible. Distinguez track/browser des pistes personnalisées et lignes d’analyse ; vérifiez les en-têtes. | Vérifiez références, couverture et valeurs avec un lecteur bigWig. Distinguez résumés et valeurs des intervalles ; testez accès distant et lectures partielles sur l’hébergement réel. |
| Exporter ou convertir | Pour bigWig, triez une piste sans chevauchements par chromosome et utilisez chrom.sizes adapté. Retirez les en-têtes visuels et vérifiez positions, valeurs et couverture. | bedGraphToBigWig exige des intervalles triés sans chevauchement et chrom.sizes adapté. Retirez les en-têtes visuels et comparez coordonnées, régions renseignées et valeurs. Reconstruisez depuis l’original après édition. |
Choisir selon l’usage
Examiner les valeurs d’intervalles de longueur variable
Partager des pistes de signaux génomiques
bedGraphLire les valeurs de régions choisies
Diffuser de grands signaux génomiques
bigWigPoint clé 1
bedGraph contient chromosome, début, fin et valeur.
En savoir plus sur les différencesPoint clé 2
Les lecteurs bigWig récupèrent intervalles ou résumés.
En savoir plus sur les différencesEn savoir plus sur les différences
Convenez de la référence, unités, normalisation, données absentes et précision. Vérifiez API et hébergement, pas seulement taille ou vitesse.
- Pour bedGraphToBigWig, triez une piste, résolvez les chevauchements, accordez chrom.sizes et retirez les en-têtes. Aucun décalage du début des intervalles bedGraph n’est nécessaire.
- La simple précision peut arrondir les valeurs ; fixez une tolérance. Distinguez absence et zéro, moyennes résumées et valeurs sous-jacentes ; vérifiez l’export.
Questions fréquentes
Puis-je supprimer le texte source après conversion ?
Non. La restitution exacte des décimaux ou réglages visuels n’est pas garantie. Gardez originaux, référence et options de création.