Données

bedGraph : valeurs par intervalle génomique

bedGraph contient chromosome, début, fin et valeur numérique. Les coordonnées commencent à zéro et excluent la fin. Les valeurs peuvent être entières ou réelles, positives ou négatives.

.bedGraphTexte de valeurs par intervalle

Informations de base

Extension: .bedGraph

Quand choisir ce format

Examiner les valeurs d’intervalles de longueur variable

Quand éviter ce format

Préserver les hiérarchies de gènes et transcrits

Usages courants

Partager des pistes de signaux génomiques

Caractéristiques

Valeurs sur des intervalles de longueurs différentes

Avantages et inconvénients

Avantages

Inspecter régions et valeurs comme du texte

Inconvénients

Une grande vue distante peut exiger un transfert intégral

Ouvrir et convertir

Comment ouvrir

Vérifiez référence, noms, coordonnées et valeurs avec un lecteur compatible. Distinguez track/browser des pistes personnalisées et lignes d’analyse ; vérifiez les en-têtes.

Comment convertir

Pour bigWig, triez une piste sans chevauchements par chromosome et utilisez chrom.sizes adapté. Retirez les en-têtes visuels et vérifiez positions, valeurs et couverture.

Précautions

Ne remplissez pas systématiquement les régions non renseignées par zéro. Notez unités, normalisation et provenance ; évaluez l’arrondi simple précision de bigWig. Conservez l’original et maîtrisez le partage.

Questions fréquentes

Quatre colonnes signifient-elles BED4 ?

Non. La quatrième colonne BED4 est un nom ; bedGraph utilise une valeur. Vérifiez le sens et les règles, pas seulement le nombre de colonnes.

Formats associés

bigWigbigWig stocke des valeurs génomiques en binaire indexé. Il est créé depuis WIG ou bedGraph et permet un accès régional compatible. Son rôle diffère de bigBed.BEDBED indique chromosome, début et fin en texte. Le début est compté à partir de zéro et la fin est exclue. Il ne contient ni la séquence elle-même ni la qualité par base.