तुलना
BED बनाम bigBed: पाठ संपादन और इंडेक्सयुक्त वितरण
BED क्षेत्र पाठ है; bigBed इंडेक्सयुक्त BED प्रकार का बाइनरी डेटा है।
कौन-सा फ़ॉर्मैट चुनें?
संपादन योग्य विश्लेषण इनपुट के लिए BED, बड़े ट्रैक के क्षेत्र वितरण के लिए bigBed चुनें।
इसके लिए उपयुक्त BED
लक्षित क्षेत्र या ब्राउज़र ट्रैक साझा करना
- क्षेत्रों का ओवरलैप और निष्कर्षण स्थान
इसके लिए उपयुक्त bigBed
बड़े जीनोम एनोटेशन ट्रैक प्रकाशित करना
- ब्राउज़र में आवश्यक क्षेत्र पढ़ना
मूल जानकारी
| मद | BED | bigBed |
|---|---|---|
| एक्सटेंशन | .bed | .bb, .bigBed |
| MIME प्रकार | ||
| सामान्य उपयोग | लक्षित क्षेत्र या ब्राउज़र ट्रैक साझा करना | बड़े जीनोम एनोटेशन ट्रैक प्रकाशित करना |
| कैसे खोलें | संगत टूल में असेंबली, गुणसूत्र नाम और कॉलम संख्या जाँचें। chr1 0 100 पहले 100 बेस दर्शाता है। ब्लॉक का आरंभ chromStart के सापेक्ष होता है। | संगत ब्राउज़र या bigBed टूल में संदर्भ, गुणसूत्र नाम और फ़ील्ड जाँचें। वास्तविक वातावरण में दूरस्थ पहुँच और आंशिक पढ़ने का परीक्षण करें। |
| निर्यात या रूपांतरण | सामान्य गैर-खाली क्षेत्र को GFF3 में बदलते समय आरंभ में 1 जोड़ें और अंत रखें। शून्य लंबाई वाले क्षेत्रों के नियम अलग जाँचें। केवल निर्देशांक से गुण या पदानुक्रम पुनः नहीं बनते। | bedToBigBed के लिए एक ट्रैक और मेल खाता chrom.sizes लें। गुणसूत्र के अनुसार समूह बनाकर आरंभ क्रम में रखें, track/browser पंक्तियाँ हटाएँ और अतिरिक्त फ़ील्ड -type/-as से बताएँ। |
उपयोग के अनुसार चुनें
क्षेत्रों का ओवरलैप और निष्कर्षण स्थान
लक्षित क्षेत्र या ब्राउज़र ट्रैक साझा करना
BEDब्राउज़र में आवश्यक क्षेत्र पढ़ना
बड़े जीनोम एनोटेशन ट्रैक प्रकाशित करना
bigBedमुख्य बिंदु 1
BED की पंक्तियाँ और कॉलम पाठ की तरह जाँचे जा सकते हैं।
अंतर के बारे में विस्तार सेमुख्य बिंदु 2
bigBed इंडेक्स चुने क्षेत्र तक पहुँच देते हैं।
अंतर के बारे में विस्तार सेअंतर के बारे में विस्तार से
पूरी या आंशिक पढ़ाई, अतिरिक्त फ़ील्ड और होस्टिंग जाँचें। हमेशा छोटा या तेज़ न मानें; वास्तविक डेटा से परीक्षण करें।
- सामान्य क्षेत्र दोनों में BED के शून्य-आधारित, अंत-बहिष्कृत निर्देशांक रखते हैं। bigBed बनाना असेंबली मैपिंग नहीं; इनपुट और chrom.sizes संदर्भ मिलाएँ।
- एक क्रमबद्ध ट्रैक लें, प्रदर्शन हेडर हटाएँ और अतिरिक्त फ़ील्ड परिभाषित करें। संपादन के बाद फिर बनाएँ और निर्यात पर संख्या, निर्देशांक और फ़ील्ड जाँचें।
अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न
क्या gzip वाला BED, bigBed के समान है?
नहीं। gzip अकेले bigBed इंडेक्स नहीं बनाता। स्रोत BED, फ़ील्ड परिभाषा और संदर्भ रखें।