तुलना
BED बनाम GFF3: क्षेत्र निष्कर्षण और एनोटेशन संरचना
BED क्षेत्र चुनने के लिए है; GFF3 प्रकार, गुण और एनोटेशन संबंध रखता है।
कौन-सा फ़ॉर्मैट चुनें?
ओवरलैप या निष्कर्षण के लिए BED, एनोटेशन संरचना साझा करने के लिए GFF3 पर विचार करें।
इसके लिए उपयुक्त BED
लक्षित क्षेत्र या ब्राउज़र ट्रैक साझा करना
- क्षेत्रों का ओवरलैप और निष्कर्षण स्थान
इसके लिए उपयुक्त GFF3
जीन, ट्रांसक्रिप्ट और एक्सॉन का एनोटेशन
- फ़ीचर प्रकार, गुण और संबंध साझा करना
मूल जानकारी
| मद | BED | GFF3 |
|---|---|---|
| एक्सटेंशन | .bed | .gff3, .gff |
| MIME प्रकार | ||
| सामान्य उपयोग | लक्षित क्षेत्र या ब्राउज़र ट्रैक साझा करना | जीन, ट्रांसक्रिप्ट और एक्सॉन का एनोटेशन |
| कैसे खोलें | संगत टूल में असेंबली, गुणसूत्र नाम और कॉलम संख्या जाँचें। chr1 0 100 पहले 100 बेस दर्शाता है। ब्लॉक का आरंभ chromStart के सापेक्ष होता है। | GFF3 टूल से संस्करण घोषणा, संदर्भ नाम, नौ कॉलम और गुणों की एस्केपिंग जाँचें। ID/Parent संदर्भ जाँचें; दोहराया ID एक असतत फ़ीचर हो सकता है, अनचाही नकल नहीं। |
| निर्यात या रूपांतरण | सामान्य गैर-खाली क्षेत्र को GFF3 में बदलते समय आरंभ में 1 जोड़ें और अंत रखें। शून्य लंबाई वाले क्षेत्रों के नियम अलग जाँचें। केवल निर्देशांक से गुण या पदानुक्रम पुनः नहीं बनते। | सामान्य क्षेत्र BED में निकालते समय आरंभ से 1 घटाएँ और अंत रखें। चयन और विलय नियम तय करें; गुण, पदानुक्रम या CDS phase खोने पर मूल रखें। |
उपयोग के अनुसार चुनें
क्षेत्रों का ओवरलैप और निष्कर्षण स्थान
लक्षित क्षेत्र या ब्राउज़र ट्रैक साझा करना
BEDफ़ीचर प्रकार, गुण और संबंध साझा करना
जीन, ट्रांसक्रिप्ट और एक्सॉन का एनोटेशन
GFF3मुख्य बिंदु 1
BED के मूल फ़ील्ड गुणसूत्र, आरंभ और अंत हैं।
अंतर के बारे में विस्तार सेमुख्य बिंदु 2
GFF3 में टैब से अलग नौ कॉलम और गुण होते हैं।
अंतर के बारे में विस्तार सेअंतर के बारे में विस्तार से
तय करें कि केवल क्षेत्र चाहिए या ट्रांसक्रिप्ट/एक्सॉन संबंध और CDS phase भी। संदर्भ असेंबली और फ़ीचर चयन पर सहमत हों।
- सामान्य गैर-खाली क्षेत्र में BED की शून्य-आधारित, अंत-बहिष्कृत गिनती को GFF3 की एक-आधारित, दोनों सिरों सहित गिनती में बदलने पर आरंभ में 1 जोड़ते हैं। शून्य लंबाई और वृत्ताकार मामलों की अलग जाँच करें।
- BED निष्कर्षण में गुण, Parent संबंध और phase खो सकते हैं। ब्लॉक से पूरी GFF3 एनोटेशन वापस मिलना तय नहीं है; संख्या और मेल जाँचें।
अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न
क्या एक स्थान खिसकाना दूसरी असेंबली के लिए पर्याप्त है?
नहीं। गिनती के नियम बदलना असेंबली मैपिंग नहीं है। उचित मैपिंग करें और असफल क्षेत्रों को दर्ज करें।