तुलना
GTF बनाम GFF3: गुण सिंटैक्स और ट्रांसक्रिप्ट मैपिंग
दोनों में नौ कॉलम हैं, पर गुणों का सिंटैक्स और संबंध मॉडल अलग हैं।
कौन-सा फ़ॉर्मैट चुनें?
विश्लेषण के लिए माँगा गया संगत GTF लें; पदानुक्रम साझा करने के लिए समर्थित GFF3 पर विचार करें।
इसके लिए उपयुक्त GTF
जीन, ट्रांसक्रिप्ट और एक्सॉन स्थान साझा करना
- GTF माँगने वाले अभिव्यक्ति विश्लेषण टूल का इनपुट
इसके लिए उपयुक्त GFF3
जीन, ट्रांसक्रिप्ट और एक्सॉन का एनोटेशन
- फ़ीचर प्रकार, गुण और संबंध साझा करना
मूल जानकारी
| मद | GTF | GFF3 |
|---|---|---|
| एक्सटेंशन | .gtf | .gff3, .gff |
| MIME प्रकार | ||
| सामान्य उपयोग | जीन, ट्रांसक्रिप्ट और एक्सॉन स्थान साझा करना | जीन, ट्रांसक्रिप्ट और एक्सॉन का एनोटेशन |
| कैसे खोलें | GTF रीडर से संदर्भ, नाम, विभाजक और गुण जाँचें। ट्रांसक्रिप्ट ID से एक्सॉन और CDS मिलाएँ; प्रकार और आठवें कॉलम को रीडर के नियमों से जाँचें। | GFF3 टूल से संस्करण घोषणा, संदर्भ नाम, नौ कॉलम और गुणों की एस्केपिंग जाँचें। ID/Parent संदर्भ जाँचें; दोहराया ID एक असतत फ़ीचर हो सकता है, अनचाही नकल नहीं। |
| निर्यात या रूपांतरण | gene_id/transcript_id को उचित GFF3 ID/Parent संबंध में मैप करें। केवल नाम बदलना पर्याप्त नहीं। पंक्तियाँ, निर्देशांक, स्ट्रैंड, CDS और गुण जाँचें तथा मूल रखें। | सामान्य क्षेत्र BED में निकालते समय आरंभ से 1 घटाएँ और अंत रखें। चयन और विलय नियम तय करें; गुण, पदानुक्रम या CDS phase खोने पर मूल रखें। |
उपयोग के अनुसार चुनें
GTF माँगने वाले अभिव्यक्ति विश्लेषण टूल का इनपुट
जीन, ट्रांसक्रिप्ट और एक्सॉन स्थान साझा करना
GTFफ़ीचर प्रकार, गुण और संबंध साझा करना
जीन, ट्रांसक्रिप्ट और एक्सॉन का एनोटेशन
GFF3मुख्य बिंदु 1
GTF में gene_id "मान"; जैसे गुण होते हैं।
अंतर के बारे में विस्तार सेमुख्य बिंदु 2
GFF3 में ID=मान;Parent=मान जैसे गुण होते हैं।
अंतर के बारे में विस्तार सेअंतर के बारे में विस्तार से
प्रकार, ट्रांसक्रिप्ट ID, गुण और रीडर व्याख्या पर सहमत हों; केवल एक्सटेंशन या कॉलम संख्या न देखें।
- सामान्य निर्देशांक दोनों में एक-आधारित और दोनों सिरों सहित हैं; BED जैसा आरंभ समायोजन नहीं चाहिए। संदर्भ, स्ट्रैंड, CDS के आठवें कॉलम और स्टॉप कोडॉन की जाँच निर्माता के अनुसार करें।
- GTF ID तथा GFF3 पदानुक्रम, अनेक पैरेंट और असतत फ़ीचर स्पष्ट रूप से मैप करें। असमर्थित गुण या फ़ीचर दर्ज करें; संख्या जाँचें और मूल रखें।
अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न
क्या केवल गुणों का नाम बदलने से रूपांतरण हो जाता है?
नहीं। सिंटैक्स, संबंध और निर्माता के नियम अलग हैं। रूपांतरण के बाद प्रति-ट्रांसक्रिप्ट फ़ीचर और सुरक्षित गुण मिलाएँ।