Confronta
BED o bigBed: modifica del testo e distribuzione indicizzata
BED è testo di intervalli; bigBed contiene dati BED binari indicizzati.
Quale formato scegliere?
Considerate BED per input modificabili e bigBed per distribuire regioni di grandi tracce.
Adatto per BED
Condividere regioni bersaglio o tracce
- Sovrapposizione di intervalli e posizioni di estrazione
Adatto per bigBed
Pubblicare grandi tracce di annotazione
- Leggere regioni selezionate nel browser
Informazioni di base
| Voce | BED | bigBed |
|---|---|---|
| Estensione | .bed | .bb, .bigBed |
| Tipo MIME | ||
| Usi comuni | Condividere regioni bersaglio o tracce | Pubblicare grandi tracce di annotazione |
| Come aprire | Controllate assemblaggio, nomi e numero di campi con un lettore compatibile. chr1 0 100 indica le prime 100 basi. Gli inizi dei blocchi sono relativi a chromStart. | Verificate riferimento, nomi e campi con un browser o strumento bigBed compatibile. Testate accesso remoto e letture parziali nell’ambiente reale. |
| Esportare o convertire | Per intervalli ordinari non vuoti, aggiungete 1 all’inizio nel passaggio a GFF3 e mantenete la fine. Verificate separatamente i casi di lunghezza zero. Le coordinate non ricostruiscono attributi o gerarchie. | Per bedToBigBed preparate una traccia e chrom.sizes corrispondente. Raggruppate per cromosoma e ordinate per inizio, rimuovete track/browser e definite i campi extra con -type/-as. |
Scegli in base all'uso
Sovrapposizione di intervalli e posizioni di estrazione
Condividere regioni bersaglio o tracce
BEDLeggere regioni selezionate nel browser
Pubblicare grandi tracce di annotazione
bigBedPunto chiave 1
Righe e colonne BED si esaminano come testo.
Approfondisci le differenzePunto chiave 2
Gli indici bigBed accedono a regioni selezionate.
Approfondisci le differenzeApprofondisci le differenze
Verificate letture complete o parziali, campi extra e hosting. Non presumete dimensioni o tempi sempre inferiori; provate dati reali.
- Gli intervalli ordinari usano in entrambi BED da zero con fine esclusa. Creare bigBed non mappa assemblaggi; concordate riferimento di input e chrom.sizes.
- Preparate una traccia ordinata, rimuovete intestazioni visive e definite campi extra. Ricreate dopo modifiche e verificate quantità, coordinate e campi all’esportazione.
Domande frequenti
BED con gzip equivale a bigBed?
No. gzip da solo non crea indici bigBed. Conservate BED sorgente, definizioni e riferimento.