Guide
Consegnare annotazioni genomiche e tracce di segnale
Distingui annotazioni e segnali numerici e concorda riferimento, coordinate, unità e visualizzatore. È un processo diverso dalla conservazione di letture o allineamenti.
Quale formato scegliere?
Scegli in base al ruolo di ogni file nel flusso di lavoro.
- Definire significato e riferimento
- Validare le copie per la visualizzazione
- Provare l'ambiente del destinatario
Definire significato e riferimento
Registra versione dell'assemblaggio, nomi dei cromosomi e convenzione delle coordinate. Non confondere gli intervalli BED, con origine zero ed estremo finale escluso, con altre convenzioni. Documenta unità, normalizzazione e differenza tra valori mancanti e zero.
Validare le copie per la visualizzazione
Converti annotazioni BED in bigBed o segnali bedGraph in bigWig secondo necessità. Verifica ordinamento, lunghezze cromosomiche e colonne aggiuntive. Confronta intervalli e valori rappresentativi con la fonte, inclusi arrotondamenti a precisione singola di bigWig e riepiloghi visivi.
Provare l'ambiente del destinatario
Fornisci file, parametri di conversione, checksum e impostazioni di visualizzazione. Apri lo stesso riferimento e gli stessi intervalli nel visualizzatore di destinazione. Per Track Hub, verifica anche configurazione e hosting.
Formati da considerare
Cosa controllare prima dell’esportazione
- Un hub non elencato può essere accessibile a chi conosce l'URL. Nasconderlo non controlla l'accesso; usa un ambiente autorizzato per dati sensibili.
- Conserva le fonti. Visualizzazioni o checksum coincidenti non provano la correttezza dell'analisi; i riepiloghi non sono i valori originali degli intervalli.