Confronta
BED o GFF3: estrazione di intervalli e struttura di annotazione
BED seleziona intervalli; GFF3 contiene tipi, attributi e relazioni di annotazione.
Quale formato scegliere?
Considerate BED per sovrapposizioni o estrazione e GFF3 per scambiare strutture di annotazione.
Adatto per BED
Condividere regioni bersaglio o tracce
- Sovrapposizione di intervalli e posizioni di estrazione
Adatto per GFF3
Annotare geni, trascritti ed esoni
- Scambiare tipi, attributi e relazioni
Informazioni di base
| Voce | BED | GFF3 |
|---|---|---|
| Estensione | .bed | .gff3, .gff |
| Tipo MIME | ||
| Usi comuni | Condividere regioni bersaglio o tracce | Annotare geni, trascritti ed esoni |
| Come aprire | Controllate assemblaggio, nomi e numero di campi con un lettore compatibile. chr1 0 100 indica le prime 100 basi. Gli inizi dei blocchi sono relativi a chromStart. | Verificate direttiva di versione, riferimenti, nove colonne e codifica degli attributi con un lettore GFF3. Controllate ID/Parent: ID ripetuti possono indicare un elemento discontinuo, non duplicati accidentali. |
| Esportare o convertire | Per intervalli ordinari non vuoti, aggiungete 1 all’inizio nel passaggio a GFF3 e mantenete la fine. Verificate separatamente i casi di lunghezza zero. Le coordinate non ricostruiscono attributi o gerarchie. | Per estrarre intervalli ordinari in BED, sottraete 1 all’inizio e mantenete la fine. Definite selezione e fusione; conservate l’originale se si perdono attributi, gerarchia o phase dei CDS. |
Scegli in base all'uso
Sovrapposizione di intervalli e posizioni di estrazione
Condividere regioni bersaglio o tracce
BEDScambiare tipi, attributi e relazioni
Annotare geni, trascritti ed esoni
GFF3Punto chiave 1
I campi di base BED sono cromosoma, inizio e fine.
Approfondisci le differenzePunto chiave 2
GFF3 usa nove colonne con tabulazioni e attributi.
Approfondisci le differenzeApprofondisci le differenze
Decidete se bastano intervalli o servono relazioni trascritto/esone e phase dei CDS. Concordate riferimento e selezione degli elementi.
- Per intervalli ordinari non vuoti, passare da BED da zero con fine esclusa a GFF3 da uno e inclusivo aggiunge 1 all’inizio. Verificate a parte lunghezza zero e casi circolari.
- L’estrazione BED può perdere attributi, relazioni Parent e phase. I blocchi non ricostruiscono necessariamente tutte le annotazioni GFF3; controllate quantità e corrispondenza.
Domande frequenti
Spostare di una posizione basta per un altro assemblaggio?
No. Cambiare convenzione non mappa gli assemblaggi. Usate una mappatura adeguata e registrate le regioni non mappate.