Confronta
GTF o GFF3: attributi e corrispondenza dei trascritti
Entrambi hanno nove colonne, ma sintassi degli attributi e relazioni differiscono.
Quale formato scegliere?
Usate GTF compatibile se richiesto; considerate GFF3 supportato per scambiare gerarchie.
Adatto per GTF
Condividere posizioni di geni, trascritti ed esoni
- Input per strumenti di espressione che richiedono GTF
Adatto per GFF3
Annotare geni, trascritti ed esoni
- Scambiare tipi, attributi e relazioni
Informazioni di base
| Voce | GTF | GFF3 |
|---|---|---|
| Estensione | .gtf | .gff3, .gff |
| Tipo MIME | ||
| Usi comuni | Condividere posizioni di geni, trascritti ed esoni | Annotare geni, trascritti ed esoni |
| Come aprire | Verificate riferimento, nomi, separatori e attributi con un lettore GTF. Collegate esoni e CDS tramite ID del trascritto; controllate tipi e colonna otto secondo il lettore. | Verificate direttiva di versione, riferimenti, nove colonne e codifica degli attributi con un lettore GFF3. Controllate ID/Parent: ID ripetuti possono indicare un elemento discontinuo, non duplicati accidentali. |
| Esportare o convertire | Mappate gene_id/transcript_id su relazioni ID/Parent GFF3 appropriate. Rinominare non basta. Verificate righe, coordinate, filamento, CDS e attributi; conservate l’originale. | Per estrarre intervalli ordinari in BED, sottraete 1 all’inizio e mantenete la fine. Definite selezione e fusione; conservate l’originale se si perdono attributi, gerarchia o phase dei CDS. |
Scegli in base all'uso
Input per strumenti di espressione che richiedono GTF
Condividere posizioni di geni, trascritti ed esoni
GTFScambiare tipi, attributi e relazioni
Annotare geni, trascritti ed esoni
GFF3Punto chiave 1
GTF usa attributi come gene_id "valore";.
Approfondisci le differenzePunto chiave 2
GFF3 usa attributi come ID=valore;Parent=valore.
Approfondisci le differenzeApprofondisci le differenze
Concordate tipi, ID dei trascritti, attributi e interpretazione, non solo estensione o numero di colonne.
- Le coordinate ordinarie partono da uno e sono inclusive in entrambi; non serve correggere l’inizio come con BED. Verificate riferimento, filamento, colonna otto dei CDS e codone stop secondo il produttore.
- Mappate esplicitamente ID GTF e gerarchie, più genitori ed elementi discontinui GFF3. Registrate elementi o attributi non supportati; controllate quantità e conservate l’originale.
Domande frequenti
Basta rinominare attributi per convertire?
No. Sintassi, relazioni e regole del produttore differiscono. Confrontate elementi per trascritto e attributi conservati.