비교
BAM vs CRAM
BAM은 BGZF로 압축한 정렬 정보 표현입니다. CRAM은 참조 서열과의 차이 등으로 압축하며 정보 보존은 쓰기 설정에 따라 달라집니다.
어떤 형식을 선택해야 할까요?
폭넓은 도구 호환성을 중시하면 BAM, 참조 해석과 보존 설정을 관리하며 용량을 줄이려면 CRAM을 검토합니다.
적합한 경우 BAM
대규모 리드 정렬 데이터를 바이너리로 저장하고 교환 · 색인을 사용해 좌표 정렬 데이터의 특정 구간 조회
- SAM 호환 헤더·레코드·태그를 압축 저장
- BGZF와 BAI/CSI 색인으로 구간 단위 읽기
적합한 경우 CRAM
참조 기반 압축으로 정렬 데이터를 효율적으로 저장·교환 · 품질값 등 정렬 필드의 보존 정책 선택
- 정확한 참조 서열을 식별하고 가져올 수 있는 워크플로
- 압축과 보존 설정을 기록한 아카이브
기본 정보
| 항목 | BAM | CRAM |
|---|---|---|
| 확장자 | .bam | .cram |
| MIME 유형 | application/octet-stream | |
| 주요 용도 | 대규모 리드 정렬 데이터를 바이너리로 저장하고 교환 · 색인을 사용해 좌표 정렬 데이터의 특정 구간 조회 | 참조 기반 압축으로 정렬 데이터를 효율적으로 저장·교환 · 품질값 등 정렬 필드의 보존 정책 선택 |
| 여는 방법 | SAM/BAM 지원 소프트웨어를 사용하세요. 참조 이름·길이·식별자, 정렬 순서, 리드 수, FLAG/CIGAR, 품질 및 태그를 확인합니다. 구간 조회에는 해당 BAM과 정렬 상태에서 만든 BAI/CSI 색인을 사용하세요. | CRAM 지원 도구를 사용하세요. 참조 이름·길이·체크섬·버전, 생성 도구와 보존 설정 기록을 확인합니다. 필요하면 일치하는 참조를 로컬 또는 신뢰할 수 있는 등록부에서 가져옵니다. 영역 조회에는 해당 파일과 일치하는 CRAI 색인을 사용하세요. |
| 내보내기 또는 변환 | BAM을 SAM으로 변환하면 읽기 쉽지만 용량이 커질 수 있습니다. SAM을 BAM으로 바꿀 때 필드·태그·순서를 확인하세요. CRAM 변환은 참조 및 품질 보존 설정에 의존할 수 있으므로 필요한 참조를 관리하세요. | CRAM을 BAM/SAM으로 변환할 때 참조를 정확히 해석하고 품질·태그·리드 이름의 보존 여부를 검사하세요. 원본 CRAM을 보관하고 레코드 수·통계·대표 레코드를 비교합니다. BAM/SAM을 CRAM으로 변환할 때는 참조 버전과 품질 정보의 손실 허용 여부를 명시적으로 정합니다. |
용도별 선택
SAM 호환 헤더·레코드·태그를 압축 저장
대규모 리드 정렬 데이터를 바이너리로 저장하고 교환 · 색인을 사용해 좌표 정렬 데이터의 특정 구간 조회
BAMBGZF와 BAI/CSI 색인으로 구간 단위 읽기
대규모 리드 정렬 데이터를 바이너리로 저장하고 교환 · 색인을 사용해 좌표 정렬 데이터의 특정 구간 조회
BAM정확한 참조 서열을 식별하고 가져올 수 있는 워크플로
참조 기반 압축으로 정렬 데이터를 효율적으로 저장·교환 · 품질값 등 정렬 필드의 보존 정책 선택
CRAM압축과 보존 설정을 기록한 아카이브
참조 기반 압축으로 정렬 데이터를 효율적으로 저장·교환 · 품질값 등 정렬 필드의 보존 정책 선택
CRAM핵심 사항 1
BAM 복호화에는 보통 외부 참조 염기 서열이 필요하지 않습니다.
차이 자세히 보기핵심 사항 2
CRAM은 참조 의존 인코딩과 참조 포함을 지원합니다.
차이 자세히 보기차이 자세히 보기
보존할 품질 값과 태그를 정한 뒤 실제 데이터의 왕복 변환과 분석 결과를 시험합니다. CRAM이 항상 작거나 빠른 것은 아닙니다.
- 참조 의존 CRAM은 올바른 참조가 필요합니다. 외부 참조 관리, 포함, 참조 없이 쓰는 설정을 구분하며 파일만 전달하면 충분하다고 가정하지 마세요.
- CRAM은 무손실·손실 보존 전략을 사용할 수 있습니다. 구간 조회에는 적절한 정렬과 CRAI 등 도구가 요구하는 색인이 필요합니다.
자주 묻는 질문
CRAM은 모든 정보를 항상 보존하나요?
아니요. 쓰기 설정과 도구에 따라 다릅니다. 품질 값, 선택 태그, 참조 정보, 레코드 수를 검증하고 완료 전까지 원본을 보관하세요.