Format Atlas

가이드

작업 단계별 시퀀싱 파일 선택

원시 리드, 정렬 확인, 분석용 저장과 공유는 필요한 정보가 다릅니다. 형식과 함께 참조·색인·보존 설정을 관리합니다.

어떤 형식을 선택해야 할까요?

작업 흐름에서 파일이 맡는 역할에 따라 선택하세요.

  • 리드와 처리 입력 확인
  • 정렬과 색인 검증
  • 재현 가능한 자료 전달

리드와 처리 입력 확인

FASTQ 서열, 품질 인코딩, paired-end 대응과 리드 수를 확인합니다. 정렬에는 참조와 도구 설정이 필요합니다. 기존 정렬 표현 변환과 참조에 리드를 매핑하는 작업은 다릅니다.

정렬과 색인 검증

SAM에서 헤더와 태그를 확인한 뒤 호환 도구로 BAM 또는 CRAM을 저장합니다. 구간 조회에는 좌표순 정렬과 필요한 BAI/CSI/CRAI 색인을 준비합니다. CRAM의 참조 취득·포함 및 품질·태그 보존 설정을 기록하고 변환 전후를 대조합니다.

재현 가능한 자료 전달

데이터, 필요 색인, 참조 식별자, 소프트웨어 버전, 처리 설정, 보존 정책과 체크섬을 제공합니다. 수신 환경에서 읽기를 시험하고 접근 범위·보관 기간을 합의합니다. 저장소 제출은 해당 형식·메타데이터 요구를 따로 확인합니다.

고려할 형식

FASTQ

적합한 용도: 원시 리드와 염기별 품질 전달

적합하지 않은 용도: CIGAR와 참조 좌표를 포함한 정렬 저장

BAM

적합한 용도: 호환 분석 도구로 정렬 처리

적합하지 않은 용도: 텍스트 편집기만으로 내용 읽기

CRAM

적합한 용도: 참조와 보존 설정을 관리하며 저장 용량 감소

적합하지 않은 용도: 참조 해석이나 품질 보존 확인 없이 공유

내보내기 전 확인

  • 이름만 지워도 사람 서열이 익명화되는 것은 아닙니다. 공유 전에 승인과 대상의 접근 통제를 확인하세요.
  • 검증 완료까지 원본을 보관합니다. 체크섬 일치는 전송 무결성을 확인할 뿐 분석의 정확성을 보장하지 않습니다.

관련 비교

FASTA와 FASTQ: 서열과 품질값 보존FASTA 자체는 서열을, FASTQ는 서열과 염기별 품질값을 저장합니다.SAM vs BAMSAM과 BAM은 같은 정렬 정보를 표현합니다. SAM은 탭 구분 텍스트이고 BAM은 BGZF 블록으로 압축한 바이너리 표현입니다.BAM vs CRAMBAM은 BGZF로 압축한 정렬 정보 표현입니다. CRAM은 참조 서열과의 차이 등으로 압축하며 정보 보존은 쓰기 설정에 따라 달라집니다.

가이드

유전체 주석과 수치 트랙을 전달하는 절차주석과 수치 신호를 구분하고 참조 유전체, 좌표, 단위와 뷰어를 맞춥니다. 원시 리드나 정렬 결과를 보존하는 작업과는 다릅니다.

참고 자료 및 사양