비교
BED와 bigBed: 텍스트 편집과 색인 배포 비교
BED는 구간 텍스트, bigBed는 색인된 BED 유형 바이너리입니다.
어떤 형식을 선택해야 할까요?
편집 가능한 분석 입력에는 BED, 대형 트랙의 구간 배포에는 bigBed를 검토합니다.
적합한 경우 BED
대상 구간이나 브라우저 트랙 전달
- 구간 겹침 분석과 추출 위치 지정
적합한 경우 bigBed
대형 유전체 주석 트랙 배포
- 브라우저에서 필요한 구간만 읽기
기본 정보
| 항목 | BED | bigBed |
|---|---|---|
| 확장자 | .bed | .bb, .bigBed |
| MIME 유형 | ||
| 주요 용도 | 대상 구간이나 브라우저 트랙 전달 | 대형 유전체 주석 트랙 배포 |
| 여는 방법 | 지원 도구에서 참조 버전, 염색체 이름, 열 수를 확인합니다. chr1 0 100은 처음 100개 염기입니다. 블록 시작은 chromStart에 대한 상대값입니다. | 지원 브라우저나 bigBed 도구로 참조 버전·염색체명·필드 정의를 확인합니다. 실제 환경에서 원격 접근과 부분 읽기를 검증합니다. |
| 내보내기 또는 변환 | 일반적인 비어 있지 않은 구간을 GFF3로 바꿀 때 시작에 1을 더하고 끝은 유지합니다. 길이가 0인 구간은 별도 규칙을 확인합니다. 좌표만으로 주석 속성과 계층을 복원할 수 없습니다. | bedToBigBed에는 한 트랙과 맞는 chrom.sizes를 준비합니다. 염색체별로 묶어 시작순으로 정렬하고 track/browser 행을 빼며 추가 필드는 -type/-as로 지정합니다. |
용도별 선택
구간 겹침 분석과 추출 위치 지정
대상 구간이나 브라우저 트랙 전달
BED브라우저에서 필요한 구간만 읽기
대형 유전체 주석 트랙 배포
bigBed핵심 사항 1
BED 행과 열은 텍스트로 확인합니다.
차이 자세히 보기핵심 사항 2
bigBed 색인으로 지정 구간에 접근합니다.
차이 자세히 보기차이 자세히 보기
전체·부분 읽기, 추가 필드 정의와 호스팅 지원을 확인합니다. 항상 작거나 빠르다고 가정하지 말고 실제 데이터로 시험합니다.
- 일반 구간은 둘 다 BED의 0 시작·끝 제외 좌표입니다. bigBed 생성은 참조 버전 매핑이 아니며 입력과 chrom.sizes 버전을 맞춥니다.
- 정렬된 한 트랙을 준비하고 표시 헤더를 빼며 추가 필드를 정의합니다. 수정 후 재생성하고 내보낼 때 수·좌표·필드를 확인합니다.
자주 묻는 질문
BED를 gzip 압축하면 bigBed와 같나요?
아니요. gzip만으로 bigBed 색인이 만들어지지 않습니다. 원본 BED·필드 정의·참조 정보를 보관합니다.