비교
BED와 GFF3: 구간 추출과 주석 구조 비교
BED는 구간 지정에, GFF3는 유형·속성·관계를 포함하는 주석에 적합합니다.
어떤 형식을 선택해야 할까요?
겹침·추출에는 BED, 주석 구조 교환에는 GFF3를 검토합니다.
적합한 경우 BED
대상 구간이나 브라우저 트랙 전달
- 구간 겹침 분석과 추출 위치 지정
적합한 경우 GFF3
유전자·전사체·엑손 주석
- 특징 유형·속성·관계 교환
기본 정보
| 항목 | BED | GFF3 |
|---|---|---|
| 확장자 | .bed | .gff3, .gff |
| MIME 유형 | ||
| 주요 용도 | 대상 구간이나 브라우저 트랙 전달 | 유전자·전사체·엑손 주석 |
| 여는 방법 | 지원 도구에서 참조 버전, 염색체 이름, 열 수를 확인합니다. chr1 0 100은 처음 100개 염기입니다. 블록 시작은 chromStart에 대한 상대값입니다. | GFF3 도구로 버전 선언, 참조 이름, 9열과 속성 이스케이프를 확인합니다. ID/Parent 참조를 검증하며 같은 ID의 여러 행이 불연속 특징인지 확인합니다. |
| 내보내기 또는 변환 | 일반적인 비어 있지 않은 구간을 GFF3로 바꿀 때 시작에 1을 더하고 끝은 유지합니다. 길이가 0인 구간은 별도 규칙을 확인합니다. 좌표만으로 주석 속성과 계층을 복원할 수 없습니다. | 일반 구간을 BED로 추출할 때 시작에서 1을 빼고 끝은 유지합니다. 특징 선택·병합 방법을 정하고 속성·계층·CDS phase가 손실되면 원본을 보관합니다. |
용도별 선택
구간 겹침 분석과 추출 위치 지정
대상 구간이나 브라우저 트랙 전달
BED특징 유형·속성·관계 교환
유전자·전사체·엑손 주석
GFF3핵심 사항 1
BED 기본 필드는 염색체·시작·끝입니다.
차이 자세히 보기핵심 사항 2
GFF3는 탭으로 구분한 9열과 속성을 사용합니다.
차이 자세히 보기차이 자세히 보기
구간만 필요한지 전사체/엑손 관계와 CDS phase도 필요한지 정합니다. 참조 버전과 특징 선택 방법을 합의합니다.
- 일반적인 비어 있지 않은 구간을 BED의 0 시작·끝 제외에서 GFF3의 1 시작·양끝 포함으로 바꾸면 시작에 1을 더합니다. 길이 0이나 원형 구간은 별도 검증합니다.
- BED 추출에서 속성·Parent 관계·phase가 손실될 수 있습니다. 블록만으로 전체 GFF3 주석을 복원할 수 있다고 보장하지 않으며 수와 대응을 확인합니다.
자주 묻는 질문
좌표를 한 칸 옮기면 다른 참조 버전에 쓸 수 있나요?
아니요. 표기 규칙 변환은 참조 버전 간 매핑이 아닙니다. 적절히 매핑하고 실패한 구간도 기록합니다.