비교
FASTA와 FASTQ: 서열과 품질값 보존
FASTA 자체는 서열을, FASTQ는 서열과 염기별 품질값을 저장합니다.
어떤 형식을 선택해야 할까요?
참조·조립 서열에는 FASTA, 품질을 쓰는 리드 분석에는 FASTQ를 사용하고 원본도 보관합니다.
적합한 경우 FASTA
참조 또는 조립된 염기 서열 저장
- 품질값이 필요 없는 서열 교환
적합한 경우 FASTQ
분석 단계 사이에 시퀀싱 리드와 염기별 품질 점수를 전달 · 후속 분석 전에 paired-end를 포함한 비정렬 리드를 저장
- 리드 ID, 서열, 각 염기의 품질을 함께 보관
- NCBI SRA 같은 아카이브에 리드 데이터 제출
기본 정보
| 항목 | FASTA | FASTQ |
|---|---|---|
| 확장자 | .fasta, .fa | .fastq, .fq, .fastq.gz, .fq.gz |
| MIME 유형 | ||
| 주요 용도 | 참조 또는 조립된 염기 서열 저장 | 분석 단계 사이에 시퀀싱 리드와 염기별 품질 점수를 전달 · 후속 분석 전에 paired-end를 포함한 비정렬 리드를 저장 |
| 여는 방법 | 서열 도구로 열고 중복 식별자, 기호, 길이를 검사합니다. samtools faidx는 각 서열의 마지막 행을 제외한 행 길이가 같아야 합니다. 서열이나 줄바꿈을 바꾸면 .fai를 다시 만듭니다. | 해당 FASTQ 변형을 지원하는 시퀀싱 도구에서 엽니다. `@` ID, 서열과 품질 길이, `+` 줄, Phred+33/Phred+64 등의 방식과 기기·파이프라인 문서를 확인하세요. paired-end라면 두 파일의 순서와 ID 대응도 검증합니다. gzip 압축 파일은 호환 도구로 읽거나 풉니다. |
| 내보내기 또는 변환 | FASTQ에서 서열만 내보내면 품질값이 사라집니다. FASTA는 원래 값을 복원하지 못합니다. 실제 QUAL이 있다면 식별자와 길이를 맞추고 품질 체계를 확인해 결합합니다. | 품질 인코딩을 바꾸려면 원래 Phred 또는 Solexa 체계와 ASCII 오프셋을 확인하고 숫자 점수를 정확히 복호화한 뒤 다시 인코딩하세요. 서열만 FASTA로 내보내면 품질 값이 없어집니다. 정렬된 SAM/BAM 생성은 참조 서열과 별도 분석을 사용하는 과정이지 확장자 변경이 아닙니다. |
용도별 선택
품질값이 필요 없는 서열 교환
참조 또는 조립된 염기 서열 저장
FASTA리드 ID, 서열, 각 염기의 품질을 함께 보관
분석 단계 사이에 시퀀싱 리드와 염기별 품질 점수를 전달 · 후속 분석 전에 paired-end를 포함한 비정렬 리드를 저장
FASTQNCBI SRA 같은 아카이브에 리드 데이터 제출
분석 단계 사이에 시퀀싱 리드와 염기별 품질 점수를 전달 · 후속 분석 전에 paired-end를 포함한 비정렬 리드를 저장
FASTQ핵심 사항 1
FASTA는 > 정의 행 뒤에 서열이 이어집니다.
차이 자세히 보기핵심 사항 2
FASTQ는 @ 식별 행, 서열, + 구분 행과 대응 품질 문자열을 가집니다.
차이 자세히 보기차이 자세히 보기
서열만 필요한지 품질 기반 필터링도 필요한지 정합니다. 확장자뿐 아니라 생성 도구의 관례와 읽기 도구 요구도 확인합니다.
- FASTA로 서열을 추출하면 원래 품질값이 사라집니다. 실제 QUAL 없이 고정값을 추가해도 측정 품질이 복원되지 않습니다.
- 실제 QUAL을 결합할 때 식별자, 레코드 수, 길이, 품질 체계를 확인합니다. 서열이나 줄바꿈을 바꾸면 참조 .fai를 다시 만듭니다.
자주 묻는 질문
FASTA를 FASTQ로 바꾸면 품질이 돌아오나요?
아니요. 서열 문자에서 품질값을 복원할 수 없습니다. 실제 원본 품질 데이터가 있을 때 대응을 검증해 결합하며, 임시값을 측정값으로 취급하지 않습니다.