비교
GTF와 GFF3: 속성 문법과 전사체 매핑 비교
둘 다 9열 주석이지만 속성 문법과 관계 모델이 다릅니다.
어떤 형식을 선택해야 할까요?
분석이 요구하면 지원 GTF를, 계층 주석 교환에는 수신자가 지원하는 GFF3를 검토합니다.
적합한 경우 GTF
유전자·전사체·엑손 위치 전달
- GTF를 요구하는 발현 분석 도구의 주석 입력
적합한 경우 GFF3
유전자·전사체·엑손 주석
- 특징 유형·속성·관계 교환
기본 정보
| 항목 | GTF | GFF3 |
|---|---|---|
| 확장자 | .gtf | .gff3, .gff |
| MIME 유형 | ||
| 주요 용도 | 유전자·전사체·엑손 위치 전달 | 유전자·전사체·엑손 주석 |
| 여는 방법 | GTF 도구로 참조 버전·서열명·구분자·속성을 검사합니다. 전사체 ID로 엑손과 CDS를 대조하고 특징 유형과 8열 값은 읽기 도구 규칙을 확인합니다. | GFF3 도구로 버전 선언, 참조 이름, 9열과 속성 이스케이프를 확인합니다. ID/Parent 참조를 검증하며 같은 ID의 여러 행이 불연속 특징인지 확인합니다. |
| 내보내기 또는 변환 | gene_id/transcript_id를 GFF3의 적절한 ID/Parent 관계로 매핑합니다. 속성명만 바꾸면 부족합니다. 행 대응·좌표·가닥·CDS·속성을 검증하고 원본을 보관합니다. | 일반 구간을 BED로 추출할 때 시작에서 1을 빼고 끝은 유지합니다. 특징 선택·병합 방법을 정하고 속성·계층·CDS phase가 손실되면 원본을 보관합니다. |
용도별 선택
GTF를 요구하는 발현 분석 도구의 주석 입력
유전자·전사체·엑손 위치 전달
GTF특징 유형·속성·관계 교환
유전자·전사체·엑손 주석
GFF3핵심 사항 1
GTF는 gene_id "값"; 같은 속성을 사용합니다.
차이 자세히 보기핵심 사항 2
GFF3는 ID=값;Parent=값 같은 속성을 사용합니다.
차이 자세히 보기차이 자세히 보기
확장자나 열 수보다 특징 유형·전사체 ID·속성·읽기 규칙을 합의합니다.
- 일반 좌표는 둘 다 1 시작·양끝 포함이므로 BED 변환처럼 시작을 조정하지 않습니다. 참조 버전·가닥·CDS 8열·종결 코돈 처리는 제공자 규칙에 따라 검증합니다.
- GTF ID와 GFF3 계층·여러 부모·불연속 특징을 명시적으로 매핑합니다. 미지원 특징·속성을 기록하고 수 변화와 원본을 확인합니다.
자주 묻는 질문
속성명만 바꾸면 상호 변환되나요?
아니요. 문법·관계 모델·제공자 규칙이 다릅니다. 변환 후 전사체별 특징과 보존 속성을 대조합니다.