비교
SAM vs BAM
SAM과 BAM은 같은 정렬 정보를 표현합니다. SAM은 탭 구분 텍스트이고 BAM은 BGZF 블록으로 압축한 바이너리 표현입니다.
어떤 형식을 선택해야 할까요?
내용 확인과 디버깅에는 SAM, 호환 분석 도구의 저장과 구간 조회에는 BAM을 검토합니다.
적합한 경우 SAM
시퀀싱 리드와 참조 서열 정렬 정보를 텍스트로 교환 · 헤더와 레코드를 점검하며 분석 결과 전달
- 참조 이름·길이, FLAG, CIGAR, MAPQ, 서열·품질과 태그 확인
- 디버깅과 소규모 데이터 검토
적합한 경우 BAM
대규모 리드 정렬 데이터를 바이너리로 저장하고 교환 · 색인을 사용해 좌표 정렬 데이터의 특정 구간 조회
- SAM 호환 헤더·레코드·태그를 압축 저장
- BGZF와 BAI/CSI 색인으로 구간 단위 읽기
기본 정보
| 항목 | SAM | BAM |
|---|---|---|
| 확장자 | .sam | .bam |
| MIME 유형 | text/plain | application/octet-stream |
| 주요 용도 | 시퀀싱 리드와 참조 서열 정렬 정보를 텍스트로 교환 · 헤더와 레코드를 점검하며 분석 결과 전달 | 대규모 리드 정렬 데이터를 바이너리로 저장하고 교환 · 색인을 사용해 좌표 정렬 데이터의 특정 구간 조회 |
| 여는 방법 | SAM 지원 도구나 텍스트 편집기에서 엽니다. `@HD`, `@SQ`, `@RG`, `@PG` 헤더, 11개 필수 열, FLAG 비트, 참조 좌표, CIGAR, MAPQ, SEQ/QUAL, 선택 태그를 확인하고 탭을 변경하거나 행을 재정렬하지 마세요. | SAM/BAM 지원 소프트웨어를 사용하세요. 참조 이름·길이·식별자, 정렬 순서, 리드 수, FLAG/CIGAR, 품질 및 태그를 확인합니다. 구간 조회에는 해당 BAM과 정렬 상태에서 만든 BAI/CSI 색인을 사용하세요. |
| 내보내기 또는 변환 | SAM을 BAM으로 바꿀 때 헤더, 플래그, CIGAR, 품질, 태그와 순서를 검증하세요. 좌표 정렬 BAM은 도구 요건에 맞춰 색인할 수 있습니다. FASTQ에서 SAM을 만들려면 참조와 정렬 과정이 필요하며 단순한 형식 변환이 아닙니다. | BAM을 SAM으로 변환하면 읽기 쉽지만 용량이 커질 수 있습니다. SAM을 BAM으로 바꿀 때 필드·태그·순서를 확인하세요. CRAM 변환은 참조 및 품질 보존 설정에 의존할 수 있으므로 필요한 참조를 관리하세요. |
용도별 선택
참조 이름·길이, FLAG, CIGAR, MAPQ, 서열·품질과 태그 확인
시퀀싱 리드와 참조 서열 정렬 정보를 텍스트로 교환 · 헤더와 레코드를 점검하며 분석 결과 전달
SAM디버깅과 소규모 데이터 검토
시퀀싱 리드와 참조 서열 정렬 정보를 텍스트로 교환 · 헤더와 레코드를 점검하며 분석 결과 전달
SAMSAM 호환 헤더·레코드·태그를 압축 저장
대규모 리드 정렬 데이터를 바이너리로 저장하고 교환 · 색인을 사용해 좌표 정렬 데이터의 특정 구간 조회
BAMBGZF와 BAI/CSI 색인으로 구간 단위 읽기
대규모 리드 정렬 데이터를 바이너리로 저장하고 교환 · 색인을 사용해 좌표 정렬 데이터의 특정 구간 조회
BAM핵심 사항 1
SAM은 텍스트 도구로 확인할 수 있습니다.
차이 자세히 보기핵심 사항 2
BAM은 호환 디코더가 필요합니다.
차이 자세히 보기차이 자세히 보기
변환만으로 정렬이나 색인이 완료되지 않습니다. 받는 작업의 요구에 맞게 좌표순 정렬 후 BAI/CSI 색인을 만듭니다.
- FLAG, CIGAR, MAPQ와 선택 태그에는 정해진 의미가 있습니다. SAM을 일반 표처럼 편집하면 참조 사전과 레코드의 일관성이 깨질 수 있습니다.
- BAM의 BGZF를 일반 gzip처럼 다루면 안 됩니다. 구간 조회에는 적절한 색인과 좌표순 데이터가 필요합니다.
자주 묻는 질문
BAM으로 바꾸면 매핑 정확도가 높아지나요?
아니요. 저장 표현 변환은 리드를 다시 매핑하는 작업이 아닙니다. 레코드 수, 참조 사전, 태그, 품질 값을 대조하고 변환 필터도 확인하세요.