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BED vs bigBed: edição de texto e distribuição indexada
BED é texto de regiões; bigBed contém dados BED binários indexados.
Qual formato você deve escolher?
Considere BED para entrada editável e bigBed para distribuir regiões de trilhas grandes.
Indicado para BED
Compartilhar regiões-alvo ou trilhas
- Sobreposição de regiões e posições de extração
Indicado para bigBed
Publicar trilhas grandes de anotação
- Acessar regiões específicas no navegador
Informações básicas
| Campo | BED | bigBed |
|---|---|---|
| Extensão | .bed | .bb, .bigBed |
| Tipo MIME | ||
| Usos comuns | Compartilhar regiões-alvo ou trilhas | Publicar trilhas grandes de anotação |
| Como abrir | Use uma ferramenta compatível e verifique montagem, nomes e número de colunas. chr1 0 100 representa as primeiras 100 bases. Inícios de blocos são relativos a chromStart. | Use um navegador ou leitor bigBed e confira montagem, nomes e campos. Teste acesso remoto e leituras parciais no ambiente real. |
| Exportar ou converter | Para intervalos comuns não vazios, some 1 ao início na conversão para GFF3 e mantenha o fim. Verifique separadamente regiões de comprimento zero. Coordenadas não recuperam atributos ou hierarquia. | Para bedToBigBed, prepare uma trilha e chrom.sizes correspondente. Agrupe por cromossomo e ordene pelo início, retire linhas track/browser e defina campos extras com -type/-as. |
Escolha por finalidade
Sobreposição de regiões e posições de extração
Compartilhar regiões-alvo ou trilhas
BEDAcessar regiões específicas no navegador
Publicar trilhas grandes de anotação
bigBedPonto principal 1
BED permite conferir linhas e colunas como texto.
Mais sobre as diferençasPonto principal 2
Índices bigBed acessam regiões específicas.
Mais sobre as diferençasMais sobre as diferenças
Confira leitura integral ou parcial, campos extras e hospedagem. Não presuma menor tamanho ou mais velocidade sempre; teste dados reais.
- Ambos usam coordenadas BED a partir de zero e fim excluído em regiões comuns. Criar bigBed não mapeia montagens; combine entrada e chrom.sizes.
- Prepare uma trilha ordenada, retire cabeçalhos visuais e defina campos extras. Regenere após editar e confira quantidades, coordenadas e campos ao exportar.
Perguntas frequentes
BED com gzip equivale a bigBed?
Não. gzip não cria índices bigBed. Preserve BED original, definições e referência.