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BED vs GFF3: extração de regiões e estrutura de anotação
BED seleciona regiões; GFF3 guarda tipos, atributos e relações de anotação.
Qual formato você deve escolher?
Considere BED para sobreposição ou extração e GFF3 para trocar estruturas de anotação.
Indicado para BED
Compartilhar regiões-alvo ou trilhas
- Sobreposição de regiões e posições de extração
Indicado para GFF3
Anotar genes, transcritos e éxons
- Trocar tipos, atributos e relações
Informações básicas
| Campo | BED | GFF3 |
|---|---|---|
| Extensão | .bed | .gff3, .gff |
| Tipo MIME | ||
| Usos comuns | Compartilhar regiões-alvo ou trilhas | Anotar genes, transcritos e éxons |
| Como abrir | Use uma ferramenta compatível e verifique montagem, nomes e número de colunas. chr1 0 100 representa as primeiras 100 bases. Inícios de blocos são relativos a chromStart. | Confira declaração de versão, referências, nove colunas e escape dos atributos com um leitor GFF3. Valide ID/Parent; um ID repetido pode representar um elemento descontínuo, não uma duplicação acidental. |
| Exportar ou converter | Para intervalos comuns não vazios, some 1 ao início na conversão para GFF3 e mantenha o fim. Verifique separadamente regiões de comprimento zero. Coordenadas não recuperam atributos ou hierarquia. | Na extração de intervalos comuns para BED, subtraia 1 do início e mantenha o fim. Defina seleção e união dos elementos; preserve originais se atributos, hierarquia ou phase de CDS forem perdidos. |
Escolha por finalidade
Sobreposição de regiões e posições de extração
Compartilhar regiões-alvo ou trilhas
BEDTrocar tipos, atributos e relações
Anotar genes, transcritos e éxons
GFF3Ponto principal 1
BED tem cromossomo, início e fim como campos básicos.
Mais sobre as diferençasPonto principal 2
GFF3 usa nove colunas com tabulação e atributos.
Mais sobre as diferençasMais sobre as diferenças
Decida se regiões bastam ou se precisa de relações transcrito/éxon e phase de CDS. Combine montagem e seleção de elementos.
- Para intervalos comuns não vazios, passar de BED baseado em zero e fim excluído para GFF3 baseado em um e inclusivo soma 1 ao início. Valide separadamente comprimento zero e casos circulares.
- A extração para BED pode perder atributos, Parent e phase. Blocos não recuperam necessariamente toda a anotação GFF3; confira quantidades e correspondência.
Perguntas frequentes
Deslocar uma posição permite usar outra montagem?
Não. Mudar convenções não mapeia montagens. Use um mapeamento adequado e registre regiões não mapeadas.