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GTF vs GFF3: atributos e correspondência de transcritos
Ambos têm nove colunas, mas atributos e modelos de relação diferem.
Qual formato você deve escolher?
Use GTF compatível quando exigido; considere GFF3 aceito para trocar hierarquias.
Indicado para GTF
Compartilhar posições de genes, transcritos e éxons
- Entrada para ferramentas de expressão que exigem GTF
Indicado para GFF3
Anotar genes, transcritos e éxons
- Trocar tipos, atributos e relações
Informações básicas
| Campo | GTF | GFF3 |
|---|---|---|
| Extensão | .gtf | .gff3, .gff |
| Tipo MIME | ||
| Usos comuns | Compartilhar posições de genes, transcritos e éxons | Anotar genes, transcritos e éxons |
| Como abrir | Confira referência, nomes, separadores e atributos em um leitor GTF. Relacione éxons e CDS por transcript_id; verifique tipos e coluna oito conforme o leitor. | Confira declaração de versão, referências, nove colunas e escape dos atributos com um leitor GFF3. Valide ID/Parent; um ID repetido pode representar um elemento descontínuo, não uma duplicação acidental. |
| Exportar ou converter | Mapeie gene_id/transcript_id para relações ID/Parent de GFF3. Apenas renomear não basta. Confira linhas, coordenadas, fita, CDS e atributos; preserve originais. | Na extração de intervalos comuns para BED, subtraia 1 do início e mantenha o fim. Defina seleção e união dos elementos; preserve originais se atributos, hierarquia ou phase de CDS forem perdidos. |
Escolha por finalidade
Entrada para ferramentas de expressão que exigem GTF
Compartilhar posições de genes, transcritos e éxons
GTFTrocar tipos, atributos e relações
Anotar genes, transcritos e éxons
GFF3Ponto principal 1
GTF usa atributos como gene_id "valor";.
Mais sobre as diferençasPonto principal 2
GFF3 usa atributos como ID=valor;Parent=valor.
Mais sobre as diferençasMais sobre as diferenças
Combine tipos, IDs de transcritos, atributos e interpretação, não só extensão ou número de colunas.
- Ambos usam coordenadas comuns a partir de um e inclusivas; não se ajusta o início como com BED. Valide referência, fita, coluna oito de CDS e códon de parada conforme o produtor.
- Mapeie IDs de GTF e hierarquias, múltiplos pais e elementos descontínuos de GFF3. Registre elementos ou atributos não aceitos; confira quantidades e preserve originais.
Perguntas frequentes
Basta renomear atributos para converter?
Não. Sintaxe, relações e regras do produtor diferem. Confira elementos por transcrito e atributos preservados.