对比
BED与bigBed：文本编辑和索引式分发
BED是区间文本，bigBed是带索引的BED类型二进制数据。
应该选择哪种格式？
可编辑分析输入可考虑BED，大型轨道按区间分发可考虑bigBed。
适用于 BED
交换目标区间或浏览器轨道
- 区间重叠分析与提取位置
适用于 bigBed
分发大型基因组注释轨道
- 浏览器按需读取区间
基本信息
| 项目 | BED | bigBed |
|---|---|---|
| 扩展名 | .bed | .bb, .bigBed |
| MIME 类型 | ||
| 常见用途 | 交换目标区间或浏览器轨道 | 分发大型基因组注释轨道 |
| 打开方式 | 用兼容工具检查参考版本、染色体名和列数。chr1 0 100表示前100个碱基。区块起点是相对chromStart的偏移。 | 用兼容浏览器或bigBed工具检查参考版本、染色体名和字段定义。在实际环境测试远程可达性及部分读取。 |
| 导出或转换 | 普通非空区间转为GFF3时起点加1，终点保持不变。零长度区间需另查规则。坐标本身不能恢复注释属性或层级。 | bedToBigBed需单个轨道与匹配的chrom.sizes。按染色体分组并按起点排序，删除track/browser行，通过-type/-as指定额外字段。 |
按用途选择
区间重叠分析与提取位置
交换目标区间或浏览器轨道
BED浏览器按需读取区间
分发大型基因组注释轨道
bigBed关键点 1
BED的行列可直接作为文本查看。
进一步了解差异关键点 2
bigBed通过索引访问指定区间。
进一步了解差异进一步了解差异
检查全量或部分读取、额外字段定义与托管支持。不要断言总是更小或更快，应以实际数据测试。
- 普通区间在两者中都采用BED的0起点、终点不含规则。生成bigBed不是参考版本映射，需匹配输入与chrom.sizes的版本。
- 准备排序正确的单个轨道，移除显示头并定义额外字段。修改后重新生成，导出时核对数量、坐标与字段。
常见问题
gzip压缩BED等于bigBed吗？
不是。gzip本身不会生成bigBed索引。保存源BED、字段定义与参考信息。