对比
BED与GFF3：区间提取和注释结构
BED适合区间选择，GFF3承载特征类型、属性和注释关系。
应该选择哪种格式？
区间重叠或提取可考虑BED，注释结构交换可考虑GFF3。
适用于 BED
交换目标区间或浏览器轨道
- 区间重叠分析与提取位置
适用于 GFF3
注释基因、转录本与外显子
- 交换特征类型、属性与关系
基本信息
| 项目 | BED | GFF3 |
|---|---|---|
| 扩展名 | .bed | .gff3, .gff |
| MIME 类型 | ||
| 常见用途 | 交换目标区间或浏览器轨道 | 注释基因、转录本与外显子 |
| 打开方式 | 用兼容工具检查参考版本、染色体名和列数。chr1 0 100表示前100个碱基。区块起点是相对chromStart的偏移。 | 用GFF3工具检查版本声明、参考名称、9列与属性转义。检查ID/Parent引用；重复ID可能表示同一不连续特征，不应直接认定为误重复。 |
| 导出或转换 | 普通非空区间转为GFF3时起点加1，终点保持不变。零长度区间需另查规则。坐标本身不能恢复注释属性或层级。 | 普通区间提取为BED时起点减1，终点不变。明确特征选择与合并方法；属性、层级或CDS phase丢失时保留原本。 |
按用途选择
区间重叠分析与提取位置
交换目标区间或浏览器轨道
BED交换特征类型、属性与关系
注释基因、转录本与外显子
GFF3关键点 1
BED基本字段为染色体、起点和终点。
进一步了解差异关键点 2
GFF3使用制表符分隔的9列与属性。
进一步了解差异进一步了解差异
确定是否只需区间，还是需保留转录本与外显子关系及CDS phase。约定参考版本与特征选择方式。
- 普通非空区间从BED的0起点、终点不含转换为GFF3的1起点、两端包含时，起点加1。零长度或环状情况需另行验证。
- 提取为BED可能丢失属性、Parent关系与phase。区块未必能恢复全部GFF3注释，须核对数量与对应关系。
常见问题
坐标平移一位就能用于另一参考版本吗？
不能。计数规则转换不是参考版本间映射。应进行正确映射，并记录无法映射的区间。