Bandingkan
BED atau bigBed: pengeditan teks dan distribusi berindeks
BED adalah teks interval; bigBed adalah data BED biner berindeks.
Format mana yang sebaiknya dipilih?
Pertimbangkan BED untuk masukan analisis yang dapat diedit dan bigBed untuk distribusi wilayah trek besar.
Cocok untuk BED
Membagikan wilayah target atau trek peramban genom
- Irisan interval dan posisi ekstraksi
Cocok untuk bigBed
Menerbitkan trek anotasi genom besar
- Membaca wilayah tertentu melalui peramban
Informasi dasar
| Item | BED | bigBed |
|---|---|---|
| Ekstensi | .bed | .bb, .bigBed |
| Tipe MIME | ||
| Penggunaan umum | Membagikan wilayah target atau trek peramban genom | Menerbitkan trek anotasi genom besar |
| Cara membuka | Periksa rakitan, nama kromosom dan jumlah kolom dengan alat yang sesuai. chr1 0 100 menunjukkan 100 basa pertama. Awal blok relatif terhadap chromStart. | Periksa rakitan, nama dan definisi kolom dengan peramban atau alat bigBed. Uji akses jarak jauh dan pembacaan parsial di lingkungan nyata. |
| Ekspor atau konversi | Untuk interval biasa yang tidak kosong, tambahkan 1 ke awal saat mengubah ke GFF3 dan pertahankan akhir. Periksa aturan khusus untuk panjang nol. Koordinat saja tidak memulihkan atribut atau hierarki. | Untuk bedToBigBed, siapkan satu trek dan chrom.sizes yang cocok. Kelompokkan per kromosom dan urutkan awal, hapus baris track/browser lalu tentukan kolom tambahan lewat -type/-as. |
Pilih menurut penggunaan
Irisan interval dan posisi ekstraksi
Membagikan wilayah target atau trek peramban genom
BEDMembaca wilayah tertentu melalui peramban
Menerbitkan trek anotasi genom besar
bigBedPoin utama 1
Baris dan kolom BED dapat diperiksa sebagai teks.
Perbedaan lebih lanjutPoin utama 2
Indeks bigBed memberi akses ke wilayah tertentu.
Perbedaan lebih lanjutPerbedaan lebih lanjut
Periksa baca penuh atau parsial, kolom tambahan dan hosting. Jangan anggap selalu lebih kecil atau cepat; uji data nyata.
- Interval biasa memakai koordinat BED berbasis nol dan akhir tidak disertakan pada keduanya. Membuat bigBed bukan pemetaan rakitan; cocokkan referensi input dan chrom.sizes.
- Siapkan satu trek terurut, hapus header tampilan dan definisikan kolom tambahan. Buat ulang setelah edit dan periksa jumlah, koordinat serta kolom saat ekspor.
Pertanyaan umum
Apakah BED dengan gzip sama dengan bigBed?
Tidak. gzip saja tidak membuat indeks bigBed. Simpan BED sumber, definisi kolom dan referensi.