Bandingkan
BED atau GFF3: ekstraksi interval dan struktur anotasi
BED memilih interval; GFF3 membawa tipe, atribut dan hubungan anotasi.
Format mana yang sebaiknya dipilih?
Pertimbangkan BED untuk irisan atau ekstraksi dan GFF3 untuk pertukaran struktur anotasi.
Cocok untuk BED
Membagikan wilayah target atau trek peramban genom
- Irisan interval dan posisi ekstraksi
Cocok untuk GFF3
Menganotasi gen, transkrip dan ekson
- Menukar tipe, atribut dan hubungan fitur
Informasi dasar
| Item | BED | GFF3 |
|---|---|---|
| Ekstensi | .bed | .gff3, .gff |
| Tipe MIME | ||
| Penggunaan umum | Membagikan wilayah target atau trek peramban genom | Menganotasi gen, transkrip dan ekson |
| Cara membuka | Periksa rakitan, nama kromosom dan jumlah kolom dengan alat yang sesuai. chr1 0 100 menunjukkan 100 basa pertama. Awal blok relatif terhadap chromStart. | Periksa direktif versi, nama referensi, sembilan kolom dan escape atribut dengan pembaca GFF3. Validasi ID/Parent; ID berulang dapat menunjukkan satu fitur terputus, bukan duplikasi keliru. |
| Ekspor atau konversi | Untuk interval biasa yang tidak kosong, tambahkan 1 ke awal saat mengubah ke GFF3 dan pertahankan akhir. Periksa aturan khusus untuk panjang nol. Koordinat saja tidak memulihkan atribut atau hierarki. | Untuk mengekstrak interval biasa ke BED, kurangi awal dengan 1 dan pertahankan akhir. Tentukan seleksi dan penggabungan fitur; simpan asli jika atribut, hierarki atau phase CDS hilang. |
Pilih menurut penggunaan
Irisan interval dan posisi ekstraksi
Membagikan wilayah target atau trek peramban genom
BEDMenukar tipe, atribut dan hubungan fitur
Menganotasi gen, transkrip dan ekson
GFF3Poin utama 1
Kolom dasar BED adalah kromosom, awal dan akhir.
Perbedaan lebih lanjutPoin utama 2
GFF3 menggunakan sembilan kolom berpisah tab dan atribut.
Perbedaan lebih lanjutPerbedaan lebih lanjut
Tentukan apakah interval cukup atau hubungan transkrip/ekson dan phase CDS dibutuhkan. Sepakati rakitan referensi dan seleksi fitur.
- Untuk interval biasa yang tidak kosong, perubahan BED berbasis nol dengan akhir tidak disertakan ke GFF3 berbasis satu yang inklusif menambah 1 pada awal. Validasi panjang nol dan kasus melingkar secara terpisah.
- Ekstraksi BED dapat membuang atribut, hubungan Parent dan phase. Blok tidak selalu memulihkan seluruh anotasi GFF3; periksa jumlah dan kesesuaiannya.
Pertanyaan umum
Apakah pergeseran satu posisi cukup untuk rakitan lain?
Tidak. Perubahan konvensi bukan pemetaan antar-rakitan. Gunakan pemetaan yang tepat dan catat wilayah yang gagal dipetakan.