Data

BED: interval genom dan koordinat berbasis nol

BED mencatat kromosom, awal dan akhir sebagai teks. Awal berbasis nol dan posisi akhir tidak disertakan. Format ini tidak menyimpan sekuens atau kualitas tiap basa.

.bedTeks interval genom

Informasi dasar

Ekstensi: .bed

Kapan memilih format ini

Irisan interval dan posisi ekstraksi

Kapan menghindari format ini

Mempertahankan seluruh hierarki anotasi

Kegunaan umum

Membagikan wilayah target atau trek peramban genom

Karakteristik

Nama, untai dan blok opsional mengikuti tiga kolom dasar secara berurutan

Kelebihan dan kekurangan

Kelebihan

Pertukaran interval yang ringkas

Kekurangan

Susunan kolom dan rakitan referensi harus disepakati

Membuka dan mengonversi

Cara membuka

Periksa rakitan, nama kromosom dan jumlah kolom dengan alat yang sesuai. chr1 0 100 menunjukkan 100 basa pertama. Awal blok relatif terhadap chromStart.

Cara mengonversi

Untuk interval biasa yang tidak kosong, tambahkan 1 ke awal saat mengubah ke GFF3 dan pertahankan akhir. Periksa aturan khusus untuk panjang nol. Koordinat saja tidak memulihkan atribut atau hierarki.

Hal yang perlu diperhatikan

Samakan jumlah kolom dalam satu trek. Baris track/browser untuk trek khusus tidak diterima semua alat analisis. Catat referensi, asal dan cakupan berbagi.

Pertanyaan umum

Apakah mengganti nama cukup untuk rakitan lain?

Tidak. Mengubah konvensi koordinat bukan pemetaan antar-rakitan. Gunakan pemetaan yang tepat dan periksa hasilnya.

Format terkait

GFF3GFF3 memiliki sembilan kolom berpisah tab. Awal dan akhir berbasis satu dan keduanya disertakan. Atribut seperti ID dan Parent menyatakan hubungan.FASTAFASTA adalah format teks dengan baris definisi yang dimulai dengan >, diikuti urutan. Artikel ini membahas urutan nukleotida dan referensi. FASTA sendiri tidak menyimpan kualitas per basa.SAMSAM (Sequence Alignment/Map) merepresentasikan read sekuensing dan alignment terhadap sekuens referensi sebagai teks berpemisah tab. Baris header opsional menjelaskan referensi dan perangkat lunak; setiap rekaman memuat nama read, FLAG, referensi dan posisi, MAPQ, CIGAR, sekuens, kualitas, serta tag opsional. Spesifikasi juga dapat merepresentasikan read yang tidak ter-align, jadi tidak semua rekaman pasti sudah selaras. SAM mudah diperiksa tetapi dapat berukuran besar; BAM adalah representasi binernya dan CRAM menambahkan kompresi yang memanfaatkan referensi.bigBedbigBed adalah format biner berindeks dari data bertipe BED. Peramban yang sesuai membaca wilayah tertentu. Ini bukan sekadar BED yang dikompresi dengan gzip.bedGraphbedGraph memuat kromosom, awal, akhir dan nilai numerik. Koordinat berbasis nol dan akhir tidak disertakan. Nilai dapat berupa bilangan bulat atau riil positif maupun negatif.