Data
GTF: teks anotasi gen dan transkrip
GTF memiliki sembilan kolom berpisah tab. Koordinat berbasis satu dan inklusif; atribut mencakup gene_id dan transcript_id. Baris dan atribut wajib berbeda menurut produsen dan pembaca.
.gtfTeks anotasi transkrip
Kapan memilih format ini
- Masukan anotasi untuk alat ekspresi yang memerlukan GTF
Kapan menghindari format ini
- Menyimpan sekuens atau kualitas read itu sendiri
Kegunaan umum
- Membagikan posisi gen, transkrip dan ekson
Karakteristik
- Atribut memakai sintaks seperti gene_id "nilai";
Kelebihan dan kekurangan
Kelebihan
- Menyediakan hubungan gen dan transkrip bagi analisis
Kekurangan
- Tidak menggantikan ID=nilai dan Parent GFF3 langsung
Membuka dan mengonversi
Cara membuka
Periksa referensi, nama, pemisah dan atribut dengan pembaca GTF. Cocokkan ekson dan CDS lewat ID transkrip; periksa tipe dan kolom delapan sesuai aturan pembaca.
Cara mengonversi
Petakan gene_id/transcript_id ke hubungan ID/Parent GFF3 yang tepat. Mengganti nama saja tidak cukup. Validasi baris, koordinat, untai, CDS dan atribut; simpan asli.
Hal yang perlu diperhatikan
- Ensembl menampilkan baris gene tanpa transcript_id. Jangan anggap semua produsen dan tipe baris mewajibkan atribut sama. Catat versi, referensi, asal dan cakupan berbagi.
Pertanyaan umum
Apakah anotasi untuk referensi sama selalu identik?
Tidak. Versi dan produsen dapat mengubah ID, fitur dan transkrip. Simpan anotasi yang digunakan, versi dan checksum.