Format Atlas

Data

GFF3: anotasi genom dan hubungan antarfitur

GFF3 memiliki sembilan kolom berpisah tab. Awal dan akhir berbasis satu dan keduanya disertakan. Atribut seperti ID dan Parent menyatakan hubungan.

.gff3 · .gffAnotasi genom hierarkis

Informasi dasar

Ekstensi
.gff3 / .gff

Kapan memilih format ini

  • Menukar tipe, atribut dan hubungan fitur

Kapan menghindari format ini

  • Menyimpan kualitas pembacaan sekuensing

Kegunaan umum

  • Menganotasi gen, transkrip dan ekson

Karakteristik

  • Mencatat tipe, atribut dan phase CDS

Kelebihan dan kekurangan

Kelebihan

  • Menukar struktur anotasi serta koordinat

Kekurangan

  • GFF2 dan GTF menggunakan aturan atribut berbeda

Membuka dan mengonversi

Cara membuka

Periksa direktif versi, nama referensi, sembilan kolom dan escape atribut dengan pembaca GFF3. Validasi ID/Parent; ID berulang dapat menunjukkan satu fitur terputus, bukan duplikasi keliru.

Cara mengonversi

Untuk mengekstrak interval biasa ke BED, kurangi awal dengan 1 dan pertahankan akhir. Tentukan seleksi dan penggabungan fitur; simpan asli jika atribut, hierarki atau phase CDS hilang.

Hal yang perlu diperhatikan

  • CDS memerlukan phase 0/1/2 yang ditafsirkan sepanjang untai. Isi setelah ##FASTA adalah sekuens, bukan baris anotasi. Catat referensi, asal dan cakupan berbagi.

Pertanyaan umum

Apakah mengganti ekstensi menghasilkan GTF?

Tidak. Sintaks atribut dan informasi wajib berbeda. Gunakan konverter yang sesuai dan periksa hubungan transkrip, koordinat dan CDS.

Format terkait

BEDBED mencatat kromosom, awal dan akhir sebagai teks. Awal berbasis nol dan posisi akhir tidak disertakan. Format ini tidak menyimpan sekuens atau kualitas tiap basa.FASTAFASTA adalah format teks dengan baris definisi yang dimulai dengan >, diikuti urutan. Artikel ini membahas urutan nukleotida dan referensi. FASTA sendiri tidak menyimpan kualitas per basa.SAMSAM (Sequence Alignment/Map) merepresentasikan read sekuensing dan alignment terhadap sekuens referensi sebagai teks berpemisah tab. Baris header opsional menjelaskan referensi dan perangkat lunak; setiap rekaman memuat nama read, FLAG, referensi dan posisi, MAPQ, CIGAR, sekuens, kualitas, serta tag opsional. Spesifikasi juga dapat merepresentasikan read yang tidak ter-align, jadi tidak semua rekaman pasti sudah selaras. SAM mudah diperiksa tetapi dapat berukuran besar; BAM adalah representasi binernya dan CRAM menambahkan kompresi yang memanfaatkan referensi.GTFGTF memiliki sembilan kolom berpisah tab. Koordinat berbasis satu dan inklusif; atribut mencakup gene_id dan transcript_id. Baris dan atribut wajib berbeda menurut produsen dan pembaca.

Bandingkan

Referensi dan spesifikasi