Bandingkan
GTF atau GFF3: sintaks atribut dan pemetaan transkrip
Keduanya memiliki sembilan kolom, tetapi sintaks atribut dan model hubungan berbeda.
Format mana yang sebaiknya dipilih?
Gunakan GTF yang sesuai jika diwajibkan; pertimbangkan GFF3 yang didukung untuk pertukaran hierarki.
Cocok untuk GTF
Membagikan posisi gen, transkrip dan ekson
- Masukan anotasi untuk alat ekspresi yang memerlukan GTF
Cocok untuk GFF3
Menganotasi gen, transkrip dan ekson
- Menukar tipe, atribut dan hubungan fitur
Informasi dasar
| Item | GTF | GFF3 |
|---|---|---|
| Ekstensi | .gtf | .gff3, .gff |
| Tipe MIME | ||
| Penggunaan umum | Membagikan posisi gen, transkrip dan ekson | Menganotasi gen, transkrip dan ekson |
| Cara membuka | Periksa referensi, nama, pemisah dan atribut dengan pembaca GTF. Cocokkan ekson dan CDS lewat ID transkrip; periksa tipe dan kolom delapan sesuai aturan pembaca. | Periksa direktif versi, nama referensi, sembilan kolom dan escape atribut dengan pembaca GFF3. Validasi ID/Parent; ID berulang dapat menunjukkan satu fitur terputus, bukan duplikasi keliru. |
| Ekspor atau konversi | Petakan gene_id/transcript_id ke hubungan ID/Parent GFF3 yang tepat. Mengganti nama saja tidak cukup. Validasi baris, koordinat, untai, CDS dan atribut; simpan asli. | Untuk mengekstrak interval biasa ke BED, kurangi awal dengan 1 dan pertahankan akhir. Tentukan seleksi dan penggabungan fitur; simpan asli jika atribut, hierarki atau phase CDS hilang. |
Pilih menurut penggunaan
Masukan anotasi untuk alat ekspresi yang memerlukan GTF
Membagikan posisi gen, transkrip dan ekson
GTFMenukar tipe, atribut dan hubungan fitur
Menganotasi gen, transkrip dan ekson
GFF3Poin utama 1
GTF memakai atribut seperti gene_id "nilai";.
Perbedaan lebih lanjutPoin utama 2
GFF3 memakai atribut seperti ID=nilai;Parent=nilai.
Perbedaan lebih lanjutPerbedaan lebih lanjut
Sepakati tipe fitur, ID transkrip, atribut dan interpretasi pembaca, bukan hanya ekstensi atau jumlah kolom.
- Koordinat biasa berbasis satu dan inklusif pada keduanya; tidak perlu penyesuaian awal seperti BED. Validasi referensi, untai, kolom delapan CDS dan kodon stop menurut produsen.
- Petakan ID GTF serta hierarki, banyak induk dan fitur terputus GFF3 secara eksplisit. Catat fitur atau atribut tak didukung; periksa jumlah dan simpan asli.
Pertanyaan umum
Apakah mengganti nama atribut cukup untuk konversi?
Tidak. Sintaks, hubungan dan aturan produsen berbeda. Bandingkan fitur per transkrip dan atribut yang dipertahankan.