FORMAT COMPARISON
bedGraph vs bigWig
bedGraphは区間と値のテキスト、bigWigは索引付きの数値トラックです。
bedGraphとbigWig、どちらを選ぶ？
値の確認・加工にはbedGraph、大規模な遠隔領域アクセスにはbigWigを検討します。
bedGraph向き
ゲノム上の信号値をトラックとして渡す
- 可変長区間の数値を確認・加工する
bigWig向き
大規模なゲノム信号を配信する
- 指定領域の値を部分読込みする
基本情報を比較
bedGraphとbigWigの主な違いを確認できます。
| 項目 | bedGraph | bigWig |
|---|---|---|
| 拡張子 | .bedGraph | .bw、.bigWig |
| MIME Type | ||
| 主な用途 | ゲノム上の信号値をトラックとして渡す | 大規模なゲノム信号を配信する |
| 開く方法 | 対応ツールで参照ゲノム版・染色体名・座標・数値を確認します。custom trackのtrack/browser行と解析用データ行を区別し、受け手のheader対応を確認します。 | bigWig対応ツールで参照名・対象範囲・値を確認します。表示要約と元の区間値を区別し、遠隔アクセスと部分読込みは実際の配信環境で検証します。 |
| 書き出し・変換 | bigWig生成用には1トラックを並べ、同一染色体内で重ならない区間と参照に合うchrom.sizesを用意します。表示用headerを除き、変換後の位置・値・対象範囲を照合します。 | bedGraphToBigWigには並び順・区間の非重複と参照に合うchrom.sizesが必要です。表示用headerを除き、変換後の座標・記録区間・値を照合します。修正は原本から再生成します。 |
用途別の選び方
作りたいものや使う場面から選べます。
可変長区間の数値を確認・加工する
ゲノム上の信号値をトラックとして渡す
bedGraph向き指定領域の値を部分読込みする
大規模なゲノム信号を配信する
bigWig向き確認ポイント 1
bedGraphは染色体・開始・終了・数値の4列です。
使い分け確認ポイント 2
bigWigは専用リーダーで区間データや要約を読みます。
使い分け選ぶ理由を詳しく
参照版・値の単位・正規化・欠測の意味と必要な精度を合意します。大きさや速度だけでなく読取りAPIと配信環境も確認します。
- bedGraphToBigWigでは1トラックを並べ、重複区間を解消し、合うchrom.sizesと表示headerの除去を確認します。bedGraph由来の区間で開始を1ずらす必要はありません。
- bigWigの単精度で丸めが生じ得るため許容誤差を決めます。未記録と0を区別し、要約平均を元の区間値とみなさず、書戻しを照合します。
よくある質問
bigWig化すれば元テキストは不要ですか？
いいえ。元の十進表記や表示設定の完全復元は保証されません。原本・参照情報・生成条件を保存します。