PRACTICAL GUIDE
ゲノム注釈・数値トラックを受け渡す手順
注釈と数値信号を区別し、参照ゲノム、座標、単位、表示環境をそろえて受け渡します。生リードやアラインメントの保存とは別の工程です。
迷ったら、ここで選ぶ
- 意味と参照をそろえる
- 表示用コピーを検証する
- 受け手の環境で確認する
意味と参照をそろえる
参照アセンブリの版、染色体名、座標規則を記録します。BED系の0始まり・終端を含まない区間と、他形式の座標を混同しません。数値信号には単位、正規化方法、欠測と0の扱いを添えます。
表示用コピーを検証する
注釈はBEDからbigBed、数値信号はbedGraphからbigWigなどへ変換します。入力の並び、染色体長、追加列の定義を確認し、出力の代表区間と値を元データと照合します。bigWigの単精度による丸めと表示要約も確認します。
受け手の環境で確認する
ファイル、変換条件、チェックサム、表示設定を渡し、受け手のビューアで同じ参照と区間を開きます。Track Hubを使う場合は設定ファイルと配信先も検証します。
候補形式
関連する比較
注意点
- 非公開リストのHubでもURLを知ればアクセスできる場合があり、URLの秘匿はアクセス制御ではありません。機微なデータは承認された環境で扱います。
- 元データを保持します。表示一致やチェックサム一致だけでは解析の正しさを保証できず、表示要約は元の区間値と同一ではありません。