データ

BAMとは

BAM（Binary Alignment/Map）は、SAMv1仕様で定義されるSAMアラインメント情報のバイナリ表現です。通常はBGZFブロック圧縮され、個々のブロックを解凍できる構造により索引を使った領域アクセスを支援します。BAMには参照ヘッダー、リード名、FLAG、CIGAR、位置、配列品質、タグ等を保存でき、未マッピングリードも含められます。座標ソートしたBAMにはBAIやCSIなどの索引を組み合わせられます。BAMは機械処理に適しますが人が直接読む形式ではなく、対象参照の識別・取得や索引の整合性にも注意が必要です。

.bamBGZFブロック圧縮アラインメント

最終確認: 2026-09-27

基本情報

拡張子: .bam
MIME Type: application/octet-stream
圧縮: block_compressed
分類: データ

この形式を選ぶ場面

SAMに対応するヘッダー・レコード・タグを圧縮して保持する
BGZFとBAI/CSI等の索引を使う対応ツールで読み取る

避けた方がよい場面

テキストエディターで直接読みやすい記録を優先する
参照や座標系を確認せずに異なるアセンブリ間で比較する

主な用途

大規模なシーケンスリードと参照アラインメントをバイナリで保管・交換する
座標順データを索引化して領域単位で解析する

特徴

SAMのフィールド構造をバイナリで表す
通常BGZFでブロック圧縮し、圧縮ブロック単位のランダムアクセスを支援する
ヘッダー、アラインメント、FLAG、CIGAR、品質、任意タグを保持する
座標順ファイルはBAIまたはCSIなどの索引と組み合わせて領域照会できる

メリットとデメリット

メリット

同じレコードのSAMテキストよりコンパクトで解析パイプラインに適する
BGZFと索引による領域アクセスを支援する
SAMv1仕様と多くのゲノム解析ツールで扱われる

デメリット

通常のテキストエディターでは読めず、専用ツールが必要
索引の作成にはソート順や座標フィールドなどの前提がある
大規模な参照・タグ・品質情報の意味を理解せずに簡略化すると情報を失う

開く・変換する

開く方法

SAM/BAM対応ツールで開きます。ヘッダーの`@SQ`参照名・長さ・M5等、ソート順、リード件数と未マッピング件数、FLAG/CIGAR、品質や任意タグを確認します。領域照会にはファイルのソート状態に合うBAI/CSI等の索引を用意し、BAM本体と同じ版のまま管理してください。

変換方法

BAMからSAMへ変換すると読めるテキストになりますが、容量が大きくなることがあります。SAMからBAMへ戻す場合はヘッダー、フィールド、タグと並び順を検査します。CRAMへ変換する場合は参照配列への依存や品質保持設定を確認し、復号に必要な参照を管理してください。

注意点

BAMが参照ヘッダーに示すアセンブリと実際の参照FASTAを照合します。同名の参照でも配列版が異なる可能性があります。
座標順でないBAMに座標索引を使うことはできません。索引が対象ファイルから生成され、古いファイルや別アセンブリのものではないことを確認してください。
BAMに試料名・遺伝情報・リード配列・任意タグが含まれる場合があります。アクセス制御、共有条件、参照FASTAの公開可否を確認してください。
BAMは通常BGZF圧縮ですが、gzipで包む通常の外部圧縮とは異なります。対応ソフトで読み、単純なgzip処理でブロック索引性を壊さないでください。

FAQ

BAMとSAMはどう違いますか？

SAMはタブ区切りテキスト、BAMはその仕様に対応するバイナリ表現です。BAMはBGZF圧縮と索引アクセスに適しますが、専用ツールで読む必要があります。

BAMには参照配列も含まれますか？

通常は参照名や長さなどのヘッダー情報を含みますが、参照FASTA全体を必ず格納するわけではありません。CRAMでは参照配列が復号に必要となる場合があります。

BAMの索引は必須ですか？

ファイルを順次読むだけなら不要な場合がありますが、座標領域を素早く照会するには適切にソートされたBAMと対応するBAI/CSI索引が必要です。

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BAM vs CRAM用途や特性の違いを比較して選びたい場合 SAM vs BAM用途や特性の違いを比較して選びたい場合 SAM近い用途で使う形式との違いを確認する場合 CRAM近い用途で使う形式との違いを確認する場合 FASTQ近い用途で使う形式との違いを確認する場合 FASTA近い用途で使う形式との違いを確認する場合