ゲノム解析ファイルを工程別に選ぶ

入力リードと解析条件を確認する

FASTQの配列・品質値、品質エンコーディング、paired-endの対応とリード数を確認します。アラインメントには参照配列とツール設定が必要です。アラインメントの保存表現を変えることと、リードを新たに参照へマッピングすることは別の処理です。

アラインメントと索引を検証する

SAMでヘッダーやタグを確認し、対応ツールでBAMまたはCRAMを保存します。領域取得には必要な座標ソートとBAI/CSI/CRAIを用意します。CRAMは正しい参照の取得または埋込み、品質値・タグの保持設定を記録し、変換前後を照合します。

再現に必要な一式を渡す

データと必要な索引、参照の識別情報、ソフトの版、処理条件、品質保持方針、チェックサムをまとめます。受け手の環境で開けるかを試し、アクセス範囲と保管期間を合意します。アーカイブへの登録は登録先の形式・メタデータ要件を別途確認します。

候補形式

関連する比較

注意点

• ヒト由来配列は名前を除くだけで匿名化できるとは限りません。共有・公開の承認と登録先のアクセス管理を確認してください。
• 元データは検証完了まで保持します。チェックサム一致は転送の完全性を確認するもので、解析の正しさを保証しません。

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