FORMAT COMPARISON
BED vs bigBed
BEDは領域のテキスト、bigBedはBED型データの索引付きバイナリです。
BEDとbigBed、どちらを選ぶ？
編集・解析用の原稿にはBED、大きなトラックの領域配信にはbigBedを検討します。
BED向き
ゲノム上の対象領域や表示トラックを渡す
- 領域の重なりや抽出位置の指定
bigBed向き
大きなゲノム注釈トラックを配信する
- 必要領域だけを読むブラウザー表示
基本情報を比較
BEDとbigBedの主な違いを確認できます。
| 項目 | BED | bigBed |
|---|---|---|
| 拡張子 | .bed | .bb、.bigBed |
| MIME Type | ||
| 主な用途 | ゲノム上の対象領域や表示トラックを渡す | 大きなゲノム注釈トラックを配信する |
| 開く方法 | 対応ツールで開き、参照ゲノム版・染色体名・列数を確認します。基本例chr1 0 100は最初の100塩基を表します。ブロックの開始値はchromStartからの相対値です。 | 対応ブラウザーやbigBedツールで開き、参照版・染色体名・列定義を確認します。遠隔表示はファイルの到達性と部分読込みを実環境で検証します。 |
| 書き出し・変換 | 通常の非空領域をGFF3へ移す際は開始に1を足し、終了値は保ちます。0長領域などは別途規則を確認します。注釈属性や親子関係は座標だけから復元できません。 | bedToBigBedでは1トラック分のデータと参照に合うchrom.sizesを用意します。染色体ごとにまとめ開始順に並べ、track/browser行を除去し、追加列は-type/-asで指定します。 |
用途別の選び方
作りたいものや使う場面から選べます。
領域の重なりや抽出位置の指定
ゲノム上の対象領域や表示トラックを渡す
BED向き必要領域だけを読むブラウザー表示
大きなゲノム注釈トラックを配信する
bigBed向き確認ポイント 1
BEDは行と列をテキストとして確認できます。
使い分け確認ポイント 2
bigBedは索引で指定領域へアクセスできます。
使い分け選ぶ理由を詳しく
全件読込みか部分読込みか、追加列定義と配信環境への対応を確認します。常に小さい・速いとは断定せず実データで試します。
- 通常の領域座標は両方ともBEDの0始まり・終了除外です。bigBed化は参照ゲノム間マッピングではなく、入力とchrom.sizesの参照版を合わせます。
- 1トラックを適切に並べ、表示用headerを外し、追加列を定義して生成します。修正後は再生成し、書戻し時は件数・座標・列を検証します。
よくある質問
BEDをgzip圧縮すればbigBedと同じですか？
いいえ。gzipだけではbigBedの索引構造になりません。元BED・列定義・参照情報を残してください。