FORMAT COMPARISON
BED vs GFF3
BEDは領域の指定、GFF3は型や属性・親子関係を含む注釈に向きます。
BEDとGFF3、どちらを選ぶ？
領域の重なりや抽出にはBED、注釈構造の受け渡しにはGFF3を検討します。
BED向き
ゲノム上の対象領域や表示トラックを渡す
- 領域の重なりや抽出位置の指定
GFF3向き
遺伝子・転写産物・エクソンなどを注釈する
- 特徴の型・属性・親子関係の交換
基本情報を比較
BEDとGFF3の主な違いを確認できます。
| 項目 | BED | GFF3 |
|---|---|---|
| 拡張子 | .bed | .gff3、.gff |
| MIME Type | ||
| 主な用途 | ゲノム上の対象領域や表示トラックを渡す | 遺伝子・転写産物・エクソンなどを注釈する |
| 圧縮 | none | none |
| 開く方法 | 対応ツールで開き、参照ゲノム版・染色体名・列数を確認します。基本例chr1 0 100は最初の100塩基を表します。ブロックの開始値はchromStartからの相対値です。 | GFF3対応ツールで版宣言・参照名・9列・属性のエスケープを確認します。ID/Parentの参照整合性を検査し、同一IDの複数行を直ちに重複エラーとせず不連続特徴か調べます。 |
| 書き出し・変換 | 通常の非空領域をGFF3へ移す際は開始に1を足し、終了値は保ちます。0長領域などは別途規則を確認します。注釈属性や親子関係は座標だけから復元できません。 | BEDへの通常の領域抽出では開始から1を引き、終了は保ちます。特徴の選択・統合方法を決め、属性・親子関係・CDS phaseが失われる場合は原本を残します。 |
用途別の選び方
作りたいものや使う場面から選べます。
領域の重なりや抽出位置の指定
ゲノム上の対象領域や表示トラックを渡す
BED向き特徴の型・属性・親子関係の交換
遺伝子・転写産物・エクソンなどを注釈する
GFF3向き確認ポイント 1
BEDの基本列は染色体・開始・終了です。
使い分け確認ポイント 2
GFF3はタブ区切り9列と属性を使います。
使い分け選ぶ理由を詳しく
必要なのが領域だけか、転写産物とエクソンの対応・CDS phaseまでかを決めます。参照ゲノム版と特徴の選択方法を合意します。
- 通常の非空領域ではBEDの0始まり・終了除外をGFF3の1始まり・両端包含へ変えると開始に1を足します。0長や環状領域などは別途検証します。
- BED抽出で属性・Parent関係・phaseが落ちる場合があります。BEDのブロックからすべてのGFF3注釈を復元できるとは限らず、件数と対応を照合します。
よくある質問
座標を1ずらせば別の参照ゲノムにも使えますか？
いいえ。表記規則の変換は参照版間の対応付けではありません。適切なマッピングを行い、変換できなかった領域も記録します。