FORMAT COMPARISON
GTF vs GFF3
GTFとGFF3は9列の注釈ですが、属性構文と関係の表し方が異なります。
GTFとGFF3、どちらを選ぶ？
GTF指定の解析には対応GTF、階層付き注釈交換には受け手が対応するGFF3を検討します。
GTF向き
遺伝子・転写産物・エクソンの位置を渡す
- GTFを要求する発現解析ツールへの注釈入力
GFF3向き
遺伝子・転写産物・エクソンなどを注釈する
- 特徴の型・属性・親子関係の交換
基本情報を比較
GTFとGFF3の主な違いを確認できます。
| 項目 | GTF | GFF3 |
|---|---|---|
| 拡張子 | .gtf | .gff3、.gff |
| MIME Type | ||
| 主な用途 | 遺伝子・転写産物・エクソンの位置を渡す | 遺伝子・転写産物・エクソンなどを注釈する |
| 圧縮 | none | none |
| 開く方法 | GTF対応ツールで参照ゲノム版・配列名・列区切り・属性を検査します。エクソンとCDSを転写産物IDで照合し、必要な特徴型や8列目の値は受け手の規則を確認します。 | GFF3対応ツールで版宣言・参照名・9列・属性のエスケープを確認します。ID/Parentの参照整合性を検査し、同一IDの複数行を直ちに重複エラーとせず不連続特徴か調べます。 |
| 書き出し・変換 | GFF3へはgene_id/transcript_idを適切なID/Parent関係へ対応付けます。属性名の置換だけでは不十分です。行の対応・座標・鎖・CDSと属性保持を検証し原本を残します。 | BEDへの通常の領域抽出では開始から1を引き、終了は保ちます。特徴の選択・統合方法を決め、属性・親子関係・CDS phaseが失われる場合は原本を残します。 |
用途別の選び方
作りたいものや使う場面から選べます。
GTFを要求する発現解析ツールへの注釈入力
遺伝子・転写産物・エクソンの位置を渡す
GTF向き特徴の型・属性・親子関係の交換
遺伝子・転写産物・エクソンなどを注釈する
GFF3向き確認ポイント 1
GTFはgene_id "値";などの属性を使います。
使い分け確認ポイント 2
GFF3はID=値;Parent=値などの属性を使います。
使い分け選ぶ理由を詳しく
拡張子や列数だけで選ばず、必要な特徴型・転写産物ID・属性と受け手の解釈を合意します。
- 通常の座標は両方1始まり・両端包含で、BEDとの変換のような開始±1は不要です。参照版・鎖・CDSの8列目と終止コドンの扱いは提供元に合わせて検証します。
- GTFのID対応とGFF3の親子・複数親・不連続特徴を明示的に変換します。未対応の特徴や属性を記録し、件数の変化と原本を確認します。
よくある質問
属性名を置換するだけで相互変換できますか？
いいえ。構文と関係モデル、提供元の規則が異なります。転写産物ごとの特徴と保持属性を変換後に照合します。